敲打足三里的最佳时间并没有特别严格的规定，多个时间均可达到较好的效果，如早上7-9点、晚上7-9点等，可以根据个人需要选择不同的时间。
1、早上7-9点：根据子午流注理论，早上7-9点是足阳明胃经循行的时间，此时足阳明胃经的气血最为旺盛。足三里作为足阳明胃经的合穴，在此时间段进行敲打，能帮助胃经得到充盈，起到健脾胃的作用，同时也具有养生的功效。
2、晚上7-9点：此时心包经脉和大脑神经系统较为活跃，是按摩和放松的较好时间。可边看电视边敲打足三里，既放松了身心，又达到了保健的效果。
3、起床后、睡觉前：这两个时间段也是进行敲打足三里的不错选择。起床后敲打有助于提神醒脑，睡觉前敲打则有助于放松身心，促进睡眠。
4、工作、课间休息时：在工作或学习间隙，也能利用短暂的休息时间进行敲打，以缓解疲劳，提高工作效率。
无论选择哪个时间段进行敲打，都应注意控制力度和时间。一般来说，每次敲打5-10分钟即可，不可过长以免产生疲劳感。
敲打时应使足三里处有酸、热的感觉，才能更好地刺激穴位，达到保健效果。敲打时可使用大拇指或中指进行按压或轻微握拳敲打，避免用力过猛以免造成损伤。另外，如果在敲打过程中出现异常感觉，如剧烈疼痛、不适等，应立即停止并咨询专业医师。