男性在小便时尿道口疼痛在医学上通常称为尿痛，可能由前列腺疾病、尿道狭窄等原因引起，建议及时就医处理，明确病因后遵医嘱处理。
1、外伤或损伤：尿道受到物理伤害，如骑自行车时的挤压或者运动时摔伤等，也可能引起尿痛。
2、膀胱炎和肾盂肾炎：是常见的原因之一，细菌感染可以导致尿道、膀胱或肾脏发炎，引起疼痛、灼热感，有时伴有尿频和尿急。
3、前列腺炎：前列腺炎症可以引起排尿时的不适，疼痛可能会从会阴部延伸至尿道口。
4、性传播疾病：如淋病、非淋菌性尿道炎等，这类疾病常常伴随着尿道分泌物。
5、尿道狭窄：尿道受到损伤或感染后愈合不良，导致尿道内部疤痕形成，引起狭窄，进而导致排尿困难和疼痛。
6、结石：尿道、膀胱或肾脏中的结石在移动过程中可能会引起剧烈疼痛。
7、包皮过长或包茎：可能导致包皮下的细菌滋生，引起感染和疼痛。
如果遇到这种情况，建议尽快就医，进行详细的身体检查和必要的实验室检查，如尿液分析、尿培养、前列腺指检、超声波检查等，以确定具体原因，严格遵医嘱采取处理。日常应注意保护局部，积极避免外伤的出现，还应保持局部清洁卫生，勤换洗内裤，注意性生活频率，避免过频或者长期憋尿，积极保护局部健康，避免疾病的发生。