男生小便后尿道刺痛的原因较为复杂，可能是尿道炎、膀胱炎、前列腺炎、尿道结石等泌尿系统疾病，也可能与性传播疾病相关。
1、尿道炎：细菌、支原体、衣原体等病原体感染尿道，导致尿道黏膜发炎、充血、水肿，炎症刺激神经末梢，在排尿时产生刺痛感，还可能伴有尿频、尿急、尿道口分泌物等症状。
2、膀胱炎：膀胱发生炎症时，也可能导致小便后尿道刺痛，通常由细菌感染引起，炎症可蔓延至尿道，引起尿道刺激症状，患者除了尿道刺痛外，还常有下腹部疼痛、血尿等表现。
3、前列腺炎：前列腺炎患者在排尿后也可能出现尿道刺痛，前列腺与尿道相邻，当前列腺发生炎症时，会影响尿道的功能。炎症刺激尿道，导致排尿后刺痛，同时还可能伴有会阴部坠胀、腰骶部酸痛等症状。
4、尿道结石：尿道内存在结石时，结石在排尿过程中可能损伤尿道黏膜，引起尿道刺痛，还可能出现排尿困难、尿流中断等情况。
5、性传播疾病：性传播疾病，如淋病、非淋菌性尿道炎等，也会导致尿道刺痛，通常由不洁性行为引起，除了刺痛感外，还可能有尿道口红肿、脓性分泌物等症状。
如果男生出现小便后尿道刺痛的症状，应及时就医进行相关检查，如尿常规、尿培养、泌尿系统超声等，以明确病因，并采取针对性的治疗措施，要注意个人卫生，避免不洁性行为。