空腹不建议喝益生菌，虽然益生菌对肠道健康有益，但空腹时胃酸分泌较多、胃内环境酸性较强，这种环境会对益生菌的活性造成影响，不利于益生菌发挥调节肠道菌群等作用，餐后服用更有利于益生菌发挥功效。
- 益生菌是一类对宿主有益的活性微生物，常见的有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等，它们能够调节肠道菌群平衡，抑制有害菌生长，促进肠道蠕动，帮助消化。然而，益生菌的活性极易受到外界环境的影响，尤其是胃酸。在空腹状态下，胃内pH值较低，通常在1.5-3.5，呈强酸性环境。这样的强酸环境会直接作用于益生菌，破坏益生菌的细胞结构，导致益生菌活性降低甚至死亡。
- 当大量益生菌在通过胃部时失去活性，进入肠道的有效益生菌数量就会大大减少，无法达到预期改善肠道功能、调节菌群的效果。
- 与之相对，进食后，食物会中和一部分胃酸，使胃内pH值升高，一般可达到4-5，胃内酸性环境得到缓冲，此时再饮用益生菌，就能为益生菌营造一个相对温和的通过环境。这样一来，更多的益生菌能够保持活性，顺利抵达肠道，并在肠道内定植、生长和繁殖，发挥调节肠道微生态的作用。
在饭后半小时到一小时左右服用益生菌制剂，此时胃酸分泌处于相对稳定且较低的水平，既能保证益生菌顺利通过胃部，又能让其在肠道中更好地发挥功效，改善肠道功能、促进消化吸收。
益生菌制剂的注意事项
1、储存条件：大多数益生菌制剂对储存条件要求较高，需低温冷藏保存，一般建议储存温度在2-8℃，以保持益生菌的活性。避免将益生菌制剂放置在高温、阳光直射的环境中，否则高温会加速益生菌死亡。
2、水温控制：冲服益生菌制剂时，水温不宜过高，一般控制在40℃以下，接近人体体温为宜。过高的水温会直接杀死益生菌，导致其失去活性，无法发挥作用。
3、避免与抗生素同服：抗生素具有杀菌作用，不仅会杀灭有害菌，也会杀死益生菌。如果需要同时服用抗生素和益生菌，两者之间应间隔2-3小时。