卵巢囊肿是否疼痛，取决于囊肿类型、大小及是否发生并发症，多数生理性囊肿与小型病理性囊肿无明显疼痛，特定情况会出现不同特点的疼痛，需精准识别。
生理性囊肿（如卵泡囊肿、黄体囊肿）体积较小，生长缓慢，不会压迫或刺激周围组织，多数患者无任何疼痛感觉，仅在体检时偶然发现，直径＜5厘米的良性病理性囊肿，若未发生感染、扭转，也多无疼痛症状。
囊肿体积增大（直径5-10厘米）时，可能出现轻微下腹隐痛、胀痛或腰酸，疼痛多为持续性，劳累、久站或月经前后可能加重，休息后可缓解，子宫内膜异位囊肿可能伴随痛经，疼痛呈进行性加重，经期明显、经后缓解。
囊肿发生扭转、破裂时，会出现突发性剧烈下腹疼痛，疼痛部位固定，呈刀割样、撕裂样，伴随恶心呕吐、面色苍白、发热，部分患者可能出现休克症状，囊肿合并感染时，会出现下腹持续性剧痛，伴随发热、寒战，疼痛逐渐加重。
出现突发性剧烈腹痛需立即就医，多为囊肿并发症引发，延误治疗可能危及生命，轻微疼痛也需定期筛查，明确囊肿性质。