酵母菌是一种兼性厌氧菌，在有氧和无氧的环境中都能够生存和生长，但是在不同的环境条件下，其代谢方式和产物会有所不同。
- 在有氧条件下，酵母菌进行有氧呼吸。通过一系列复杂的生化反应，将葡萄糖等有机物彻底氧化分解，产生大量的能量，同时生成二氧化碳和水。这种有氧呼吸的方式能够为酵母菌的生长和繁殖提供充足的能量，使其能够快速地生长和分裂。而在无氧条件下，酵母菌进行无氧呼吸，也就是发酵作用。此时，葡萄糖被不完全分解，产生酒精和二氧化碳，同时释放出较少的能量。这种发酵作用在酿酒、酿造葡萄酒等过程中被广泛应用。
- 在制作面包时，面团中的酵母菌在接触到空气中的氧气时，会进行有氧呼吸，迅速繁殖，产生大量的二氧化碳，使面团膨胀发酵。而在酿酒时，密封的发酵罐为酵母菌创造了无氧环境，酵母菌通过发酵将葡萄糖转化为酒精和二氧化碳，从而生产出酒类产品。
- 不过虽然酵母菌能够在无氧环境中生存和进行发酵，但长期处于无氧环境可能会对其生长和代谢产生一定的限制。而且，不同种类的酵母菌对于氧气的需求和耐受程度可能会有所差异。环境中的其他因素，如温度、pH值、营养物质的供应等，也会影响酵母菌在有氧和无氧条件下的生长和代谢。
酵母菌作为兼性厌氧菌的特性使其具有重要的应用价值。在医学领域，酵母菌可能导致多种疾病，如念珠菌感染，可引起皮肤、黏膜炎症，如阴道炎、口腔念珠菌病等。酵母菌过度生长还可能引发肠道菌群失调，导致消化不良、腹泻等症状。免疫力低下者更易受其影响而患病。