磁共振的禁忌证有多种，主要包括体内有金属异物、幽闭恐惧症、生命体征不平稳、急性疾病发作期、孕早期等，该项检查应在正规医院、在医生指导下进行。
1、体内有金属异物
磁共振检查中由于金属受到强大磁场的吸引可能会移动，造成患者身体损伤等严重后果，所以体内有金属异物患者严禁进行，包括装有心脏起搏器、心血管术后留有的金属支架、眼球内金属异物、口腔中的金属假牙等。
2、幽闭恐惧症
患有幽闭恐惧症的患者在进行磁共振检查时可能会受刺激，出现呼吸急促、心跳加快，濒死感等症状，故不宜进行该项检查。
3、生命体征不平稳
患者生命体征不平稳时不宜进行磁共振检查，避免出现生命危险，应在平稳后再进行。
4、急性疾病发作期
患者若处于急性疾病发作期，如癫痫和精神类疾病，可能无法配合完成磁共振检查，且可能加重病情，所以不宜进行该项检查。
5、孕早期
一般指妊娠不满3个月的情况，此时是胚胎生长发育的关键时期，胎儿状态不稳定且对外界环境敏感，易受刺激，故不宜进行磁共振检查。怀孕3月后可遵医嘱进行该项检查。
进行磁共振检查的患者还应注意禁止携带金属物品，如手机、金属项链、打火机等，并且在进行磁共振检查前要配合医生，说明自身的情况，避免危害的出现。