小儿疱疹性咽峡炎后期咳嗽是疾病恢复过程中的常见现象，可能与疾病尚未完全恢复有关，也可能与环境因素、饮食刺激、合并其他感染等有关。可以通过保持室内空气湿润、调整饮食、药物治疗等措施来缓解症状。
1、疾病尚未完全恢复：疱疹性咽峡炎是由肠道病毒感染引起的一种呼吸道感染性疾病。在恢复期间，咽部黏膜可能尚未完全修复，持续受到咽痛、咽峡部疱疹等因素的影响，导致咳嗽症状。此时需继续遵循医生的抗病毒治疗方案，确保病毒得到有效控制。使用温和的止咳药物，如含有右美沙芬或氨溴索的糖浆，以缓解咳嗽症状。还要鼓励孩子多喝水，保持咽部湿润，有助于减轻咳嗽和不适感。
2、环境因素：环境中的刺激性物质，如烟雾、花粉、化学气味等，可能刺激孩子的呼吸道，导致咳嗽。如果室内空气干燥，也会使呼吸道黏膜干燥，容易引发咳嗽。可以使用加湿器或放置水盆等方法增加室内湿度，保持空气湿润，有助于缓解咳嗽和喉咙的刺痛感。
3、饮食刺激：恢复期间，如果小儿食用了饼干、面包等比较干燥或刺激性食物，可能会对咽喉黏膜造成刺激，引起咳嗽。建议选择食用一些具有润肺止咳功效的食物，如蜂蜜、梨子等，同时保持清淡饮食，避免辛辣、刺激性食物，以免加重咽喉负担。
4、合并其他感染：在疱疹性咽峡炎后期，孩子的抵抗力相对较弱，容易合并细菌感染。如果细菌侵犯呼吸道，如引起支气管炎、肺炎等，就会出现咳嗽症状，而且咳嗽可能较为剧烈。支原体也是小儿呼吸道感染常见的病原体之一，在疱疹性咽峡炎后期，孩子可能感染支原体，支原体感染后主要侵犯呼吸道的细支气管和肺泡，引起支原体肺炎或支原体支气管炎，导致咳嗽，这种咳嗽通常是刺激性干咳，夜间咳嗽可能会加重。若小儿疱疹性咽峡炎后期咳嗽是合并细菌感染，可使用抗生素，支原体感染用大环内酯类，同时止咳祛痰对症治疗。
针对这种情况，家长应密切关注孩子的症状变化，采取合适的措施进行护理和治疗。同时需保持孩子良好的生活习惯和饮食习惯，保持充足的睡眠和休息，避免过度劳累和情绪波动。定期开窗通风，保持室内空气新鲜。