酪酸梭菌作为一种益生菌，虽在理论上可调节肠道菌群，但从临床应用的医学角度分析，其使用存在多方面限制与潜在风险，如特定人群存在感染风险、易引发肠道菌群失衡加剧、与多种药物存在相互作用、部分个体耐受性差易致不适、临床疗效缺乏统一科学佐证等。
1、特定人群存在感染风险
对于免疫力低下人群，如艾滋病患者、化疗后的肿瘤患者或长期使用免疫抑制剂者，酪酸梭菌可能突破机体免疫屏障引发感染。该菌虽为益生菌，但在免疫功能缺陷状态下可能转化为条件致病菌，导致败血症、腹腔感染等严重并发症，临床中此类风险需重点警惕。
2、易引发肠道菌群失衡加剧
人体肠道菌群处于动态平衡状态，若盲目补充酪酸梭菌，可能打破原有菌群的比例关系。对于本身菌群构成正常者，外源性菌的大量介入会抑制其他有益菌生长，反而导致腹胀、腹泻等菌群失调症状加重，而非改善肠道功能，违背补充益生菌的初衷。
3、与多种药物存在相互作用
酪酸梭菌会与抗生素类药物发生直接相互作用，抗生素可能杀灭活菌导致其失效，同时该菌也可能影响部分药物的吸收与代谢。例如与调节肠道动力的药物同服时，可能干扰药物作用效果，增加治疗难度，因此需与相关药物间隔较长时间服用，使用便利性较低。
4、部分个体耐受性差易致不适
即使是健康人群，部分个体对酪酸梭菌的耐受性也较差。服用后可能出现肠道产气增多，表现为腹胀、腹部隐痛，还可能伴随排便次数改变或大便性状异常。这些不良反应虽多为暂时性，但会影响生活质量，尤其对于肠道敏感者，可能诱发原有肠道不适症状加重。
5、临床疗效缺乏统一科学佐证
目前关于酪酸梭菌的临床研究结论尚不统一，其在多种肠道疾病中的疗效缺乏大规模、高质量的循证医学证据支持。对于慢性肠炎、肠易激综合征等疾病，其改善效果个体差异极大，部分研究显示其疗效与安慰剂无显著差异，无法作为可靠的治疗或辅助治疗手段推广。
不建议使用酪酸梭菌，本质是因其风险与收益比未达到理想水平，既有感染、菌群失衡等潜在风险，又存在疗效不确定、药物相互作用等问题。是否使用需结合个体健康状况、用药史等由医生综合判断，不可自行购买服用，避免因盲目补充益生菌而对身体造成不必要的负担或延误病情。