郑州四六〇医院历史可追溯至1939年初成立的八路军一二〇师独立一旅休养所，历经抗日战争、解放战争、抗美援朝、抗美援越、对越自卫还击作战等烽火洗礼。

1954年6月由东北南下郑州，改编为中国人民解放军第四六〇医院；1960年10月，更名为中国人民解放军空军郑州医院；1994年6月，整编为中国人民解放军第四六〇医院；1996年，评审为三甲医院；2005年3月并入原解放军第一五三中心医院，改称第一五三中心医院东区；2018年11月更名为解放军第九八八医院互助路院区；2022年8月，移交中国融通医疗健康集团有限公司管理，成为央企管理的公立事业单位；2022年9月，中央编办核名为郑州四六〇医院。

医院先后荣获“全军优秀医院”“全国抗震救灾英雄集体”“全国扶贫工作和支援西部地区先进单位”等国家级、全军级荣誉18项，先后培养出120余位正高级知名专家，斩获全军科研奖项80余项。2023年9月，医院被河南省退役军人事务厅授予河南省首家、省级“退役军人优抚定点医院”。

医院现有学科37个，建成了涵盖内、外、妇、儿以及中医的学科体系。疼痛科、骨科、内分泌代谢科、生殖医学科、心血管内科、妇产科、激光整形美容科、体检中心等龙头科室在驻地的知名度和影响力日益显现。

疼痛科形成了以中医骨伤、针灸、推拿为基础，以龙氏正骨及中医针刀疗法为核心的治疗技术；骨科中心形成了以“手外科、显微外科”为特色，涵盖了复杂关节置换、脊柱微创、畸形矫正等特色技术；妇产科开展了宫腹腔镜下各类妇科微创手术、宫颈环扎、盆腔脏器脱垂等特色技术；糖尿病足等代谢性疾病在河南名列前茅；能够独立开展第一代、第二代“试管婴儿”等先进技术；心血管内科开展的心脏介入诊疗技术，如急性心肌梗死的介入治疗术、冠脉造影+PTCA+支架置入手术等，均走在了国内前列。

同时，医院名医名家群英荟萃，2024年初，郑州四六〇医院名医堂暨五大会诊中心正式揭牌成立。享受国务院特殊津贴专家、国家内分泌重点学科带头人赵志刚教授等9名省内外知名专家坐诊名医堂，为患者解决各种疑难罕见病种。