上海交通大学医学院附属第九人民医院呼吸内科是集临床、科研与教学为一体的综合性学科，是上海交通大学医学院呼吸疾病研究所和上海交通大学慢性气道疾病诊治中心组成单位。学科前身为肺科，始建于1951年。历任主任朱尔梅、崔思愉均为我国著名呼吸病学专家。早年主要致力于肺结核等肺部疾病的诊治及研究，曾特设“崔思愉医师奖学金”，后肺科暂行关闭。于2009年，呼吸内科重建，2017年完成与北部院区呼吸内科的合并，2020年正式更名为呼吸与危重症医学科。呼吸与危重症医学科现有专科医师18名，其中高级职称5名，拥有博士学历者8名，博士生导师1名，硕士生导师2名，多位医师具有海外学习经历。学科布局完善，在南北院区均设有门诊和病房，涵盖专科门诊、专家门诊、特需门诊和专病门诊等，南部院区有床位24张，北部院区有床位29张。学科有完善的呼吸专科综合诊疗系统，包括肺功能检查、FeNO检测、多导睡眠呼吸监测及压力滴定、支气管镜检查、无创呼吸机等。近年来，学科重点发展经呼吸内镜和经皮呼吸介入技术，除常规支气管镜检查外，目前已开展多项经呼吸内镜介入诊疗技术，包括超声支气管镜检查、冷冻肺活检、硬质支气管镜、经支气管镜下电圈套、APC、激光热治疗、经支气管镜下冷冻治疗、气管支气管支架植入、气道粒子支架植入、内科胸腔镜等）及CT定位下经皮介入诊疗技术（包括经皮肺穿刺、CT引导下冷冻消融、微波消融和射频消融治疗、经皮粒子植入等）。多项呼吸内镜技术联合经皮肺穿刺技术能快速明确肺内各部位病灶的诊断，为良、恶性疾病的诊断和后续精准治疗提供依据。目前学科开展的各项经支气管镜下介入技术可解决良、恶性气道狭窄的问题；经皮冷冻消融、微波消融和射频消融治疗技术可为肺内表现为磨玻璃结节的早期肺癌患者提供微创根治的治疗手段；经皮消融技术和经皮粒子植入技术为晚期胸部肿瘤患者提供局部微创介入治疗的综合治疗方案，联合全身药物治疗，可进一步提高局部肿瘤的控制率，改善患者预后。科研工作方面，学科承担国家自然科学基金重大项目课题、重点项目等国家级课题及市级课题10余项，发表SCI论文20余篇，获发明专利2项，近5年获批科研经费700余万，2023年度STEM排名位列全国第54位。教学方面，学科目前承担交大医学院九院临床医学院和口腔医学院的诊断学和内科学（呼吸系统部分）的授课和带教工作，以及临床医学八年制专业的整合教学工作。作为第一批上海市内科住院医师培训基地之一，从2010年8月开始接收内科住院医师进行培训。2023年6月，科室获批上海市专科医师规范化培训（呼吸与危重症医学）基地。