菏泽市立医院神经外科分为神经外科一病区、神经外科二病区、神经外科三病区3个病区：
神经外科一病区
菏泽市立医院神经外科始建于上世纪70年代，目前已发展为全市神经外科医疗、教学、科研和预防保健中心，并于2013年4月被山东省卫生厅评为省级重点学科。为了满足人民群众日益增长的健康需求及专业细化发展的需要，脑肿瘤与功能神经外科于2021年成立，开放床位41张。
一、优势病种
脑胶质瘤、脑膜瘤、垂体瘤、听神经瘤等神经系统肿瘤，三叉神经痛、面肌痉挛、帕金森、癫痫等功能性疾病以及周围神经卡压性疾病和脑出血、脑积水、脑脓肿等。
二、专业特色
脑肿瘤与功能神经外科主要致力于各种颅内肿瘤、神经系统功能性疾病及周围神经病等疾病的手术治疗。其中显微镜下颅内复杂肿瘤切除术、神经内镜微侵袭肿瘤切除术、神经内镜三脑室底造瘘术、三叉神经根显微血管减压术、面神经根显微血管减压术（MVD）均处于菏泽市领先水平，而神经电生理监测下听神经瘤切除面神经保留术达到了省内领先水平，并在我市率先开展了迷走神经刺激术（VNS）治疗癫痫，填补了我市技术空白。
三、技术队伍
医疗人员25人，其中主任医师2人，副主任医师2人，主治医师3人，住院医师2人，硕士及以上学位8人，形成了结构合理的多级医师梯队；护理人员15人。
神经外科二病区
菏泽市立医院神经外科于2013年被评为山东省重点学科，其中神经脊柱脊髓亚专业是神经外科亚专业的重要分支，也重点学科的一个亮点。近几年科室先后派出人员到美国加州大学旧金山分校医学中心（UCSF）、首都医科大学宣武医院、天坛医院、三博脑科医院、中国人民解放军总医院（301医院）学习神经脊柱脊髓手术。
近10年来，神经脊柱脊髓亚专业得到进一步发展。同时利用神经外科熟练的显微操作技术，结合脊柱内固定技术，形成了一套独特的脊柱脊髓疾病诊治模式，从病人的利益出发，最大限度的减少创伤，切除病变，彻底减压，并在必要时进行妥善内固定恢复脊柱稳定性。
同时，病区兼顾颅脑创伤患者的救治，颅脑损伤为神经外科最常见病种之一，病情多紧急且重，病残率、死亡率较高。科室团队经过数十年的经验沉淀和积累，已形成了一套针对该病种的高效、规范化治疗模式。
一、优势病种
（1）各型脊柱脊髓肿瘤（脊膜瘤、神经鞘瘤、神经纤维瘤、室管膜瘤、星形细胞瘤、胆脂瘤、畸胎瘤、蛛网膜囊肿、脂肪瘤、脊索瘤、骶管囊肿、转移瘤等)；
（2）各型颅脑损伤（脑挫裂伤、硬膜下血肿、硬膜外血肿、创伤性脑内血肿、颅骨凹陷骨折等）。
二、专业特色
神经脊柱脊髓及颅脑创伤病区可熟练开展以下手术：
（1）各型脊柱脊髓肿瘤切除术；
（2）各型颅脑损伤手术（脑挫裂伤、硬膜下血肿、硬膜外血肿、创伤性脑内血肿、颅骨凹陷骨折等）；
（3）小脑扁桃体下疝畸形减压术；
（4）颅颈交界区畸形如寰枢椎脱位、颅底凹陷等减压复位内固定术；
（5）各型颈椎病手术（5-9）颈椎前路椎间盘切除椎间融合术；
（6）颈椎前路椎体次全切椎间融合术；
（7）颈椎前路人工椎间盘植入术；
（8）颈椎后路椎板切除椎间融合术；
（9）颈椎后路单开门减压术；
（10）胸腰椎椎管狭窄、椎间盘突出显微微创减压术；
（11）胸腰椎退行性病变减压融合内固定术；
（12）脊柱脊髓创伤减压融合内固定术；
（13）脊髓脊膜膨出、脊髓栓系等脊柱脊髓先天性疾病手术。
三、技术队伍
医疗人员8人，其中主任医师2人，副主任医师2人，主治医师4人；护理人员15人。
我们致力于在业务上精益求精，并积极争取与兄弟单位及上级医疗单位互相合作。以治病救人为中心，不局限于疾病的传统治疗模式，不断开展新业务新技术，争取手术治疗方式的多样化，减少创伤，降低风险，增加疗效，以更好的服务于广大病患。
神经外科三病区
菏泽市立医院脑科医院脑血管外科病区改为神经外科三病区是菏泽市立医院国家高级卒中中心的重要组成科室之一，在脑血管病的诊断和治疗方面位居全省前列。
科室高度重视学术交流与合作，目前与首都医科大学北京宣武医院建立了长期的合作关系，宣武医院的专家团队定期来我院坐诊，并与海军医科大学附属长海医院、北京天坛医院、山东大学齐鲁医院、山东省立医院等国内着名医院在脑血管疾病诊治方面保持长期业务指导与协作关系。在学术方面积极参与了上海长海医院、北京宣武医院、上海仁济医院牵头的国际、国内多中心研究。
一、专业特色
（1）脑动脉瘤的介入栓塞手术；
（2）脑动脉瘤开颅夹闭手术；
（3）颅内大血管闭塞脑梗死的急诊机械取栓手术；
（4）颈动脉狭窄内膜剥脱术；
(5) 颅内外动脉狭窄支架成形术；
(6) 烟雾病的血管搭桥术和间接血流重建术；
(7）脑动静脉畸形介入栓塞术；
（8）脑动脉静脉畸形开颅切除术；
（9）硬脑膜动静脉瘘的介入栓塞术；
(10)复杂脑动脉瘤的血流导向装置置入术；
(11)高血压脑出血微创血肿碎吸术和开颅血肿清除术；
(12)复杂脑血管疾病的复合手术治疗等。
以上为脑血管外科病区熟练开展外科及介入手术，并取得满意的治疗效果，得到我市区域内人民群众的广泛认可和好评。其中急性颅内大血管闭塞机械取栓术和颅内动脉瘤介入栓塞和开颅夹闭手术在全国高级卒中中心技术排名中稳居前列。
二、技术队伍
医疗人员10人，其中主任医师2人，副主任医师1人，主治医师4人，住院医师3人，分别在意大利锡耶纳大学、北京宣武医院、上海长海医院、上海华山医院、天津环湖医院进修学习；护理人员14人。
三、仪器设备
科室配备西门子ARTISpheno组建的复合手术室，蔡司显微镜2台。