上海市第六人民医院病理科创建于1956年，目前已发展为有常规病理实验室、快速病理实验室、细胞学实验室、免疫病理实验室、病理分子实验室5个实验室的大型综合性临床病理学科，下设肿瘤病理研究室。从2000年起全年手术病理检查量以两位数增长，2011年达到30000余例，术中冰冻病理诊断量达4500余例。病理科技术力量雄厚，诊断经验丰富。科室拥有全套从德国Leica公司购置的病理检查设备，包括全自动组织脱水机、全自动包埋机、打号机、全自动染色机、封片机、全自动免疫组化染色机、石蜡切片机、冰冻切片机、超薄切片机和轮转式硬组织切片机，所有诊断用显微镜从日本Olympus公司和德国Leica公司购置，包括双筒显微镜、5人共览、10人共览显微镜、显微投影教学系统、图像分析系统等。科室信息化、数字化网络管理系统完善，所有病理资料包括病理报告、显微镜下图像资料、特殊病例的影像学资料均由电脑储存，可随时查阅、打印。患者的基本信息资料可从院内网直接查阅，从而极大方便了病理诊断医师与患者和临床医师之间的联系和沟通，保证了病理诊断的正确性和诊断资料的完整性。
专业简介
常规病理诊断
病理诊断是疾病诊断的金标准，医院诊疗常规规定凡是从患者身体上采集的组织都要送病理科作最终病理诊断，为临床诊断及治疗提供重要依据。人体病理检查的标本通过病理切片和蜡块的形式保存15年，患者可以通过一定手续随时借阅会诊。
细胞学诊断
从患者的体液和组织中采集、分离并寻找肿瘤细胞是细胞学诊断的主要内容。检查的标本为患者身上采集的各种液体，如痰液、尿液、胸腹水、脑脊液、乳头溢液等，也可从宫颈、皮肤、乳头采集细胞，采用薄层液基细胞制片方法寻找肿瘤细胞，还可以对肿块作细针穿刺，查找肿瘤细胞。细胞学的方法适用于普查或筛选肿瘤患者。细胞学涂片按规定阴性片不保存，阳性片保存15年，属于病理档案资料之一，可供临床和患者查阅。
免疫组织化学检查
利用特异性抗体－抗原结合后显色原理确定肿瘤组织的来源、分化和良恶性等。如恶性淋巴瘤、软组织肿瘤的分类、转移性癌寻找来源，前列腺病变、乳腺病变等一些肿瘤确定良恶性等，都必须依赖于免疫组织化学的标记。乳腺癌、β细胞性恶性淋巴瘤、胃肠道间质瘤等可以通过特异性抗体标记帮助临床是否可用特异性靶向治疗药物治疗。各种癌基因标记有助于恶性肿瘤的耐药检测、肿瘤恶性程度判断和生物学行为预测。目前市六医院病理科常年储备抗体上百种，可满足临床各种肿瘤的免疫病理诊断需要。
硬组织切片、超薄切片和图像分析实验室
病理科设有四肢显微外科研究所组织病理研究室，并配置Leica1600硬组织切片机，可用于不脱钙骨和骨折固定材料的切片检查，该设备目前上海市仅有个别大医院拥有。Laeica超薄切片机用于电镜检查的超薄切片。图像分析系统则用于形态学测定和DNA定量等检查。这些设备不仅保证了病理诊断的质量，而且也为临床科研和研究生的培养提供了条件。
病理分子实验室
目前病理已经从过去的解剖和组织病理学进展到免疫病理学以及如今的分子病理。分子病理诊断能够更加精确的诊断疾病、判断疾病的预后以及帮助肿瘤的治疗。病理科设有肿瘤病理研究室，配置有分子病理检测的必需仪器和设备，目前能开展一些重要的分子病理诊断，如乳腺、胃癌中HER2基因检测，以指导乳腺癌、胃癌的靶向治疗；EGFR基因突变的检测，用于非小细胞肺癌的治疗；K-ras基因突变的检测对临床指导胃肠道癌的用药有重要作用。
特色专业
前列腺和泌尿系统病理诊断
前列腺和泌尿系统病理为院级特色专业之一，2000年上海市卫生局科技发展基金项目曾获院临床医疗成果一等奖，项目成果在2002年经专家鉴定评为国内领先，部分国际先进。2003年获中华医学科技三等奖和上海市医学科技三等奖。市六医院病理科总结的前列腺各种良恶性病变病理鉴别诊断的方法和标准已被国内众多医院病理科采用。2008年市六医院病理科蒋智铭主编、张惠箴、郑莉副主编的《前列腺病理学》专著由上海科技教育出版社出版。在该领域发表论文30余篇。获“浦江人才计划”项目1项。从2001年起每年举办国家级继续教育学习班1期。
骨肿瘤和骨病的病理诊断
骨肿瘤和骨病的病理诊断为院级特色专业之一。市六医院骨科是上海市医学领先专业重点学科，骨科450张床位吸引了全国大批骨病患者，每年骨肿瘤和骨病的手术及活检量达1000余例。在该领域内发表近30篇，多种骨病为国内首例报告，从2001年起每年举办国家级继续教育学习班1期，完成上海市卫生局科技发展资助项目1项。由市六医院病理科蒋智铭主编、张惠箴、郑莉副主编的《骨关节肿瘤和瘤样病变的病理诊断》、《骨关节病理学图谱》专著分别由上海科技教育出版社和人民军医出版社出版。
妇产病理诊断
市六医院病理科有专职主任医师从事妇产病理诊断和研究，有丰富的妇产科临床经验，能凭借娴熟的临床实践经验结合病理改变作出明确的诊断，为临床治疗提供有效的依据。市六医院妇产病理在妇肿瘤的围产儿病理方面积累了大量珍贵的资料，特别在胎盘研究方面为国内领先，先后获得卫生部、上海市、上海市卫生局科技进步奖。