上海市第六人民医院中医科是上海市中医脑病优势专科、市六医院缺血性脑血管病中医治疗特色专业、全国综合医院中医药工作示范单位、上海市中医住院医师规范化培训基地和中医专科医师规范化培训协同基地、国家中医脑病药物临床试验基地、上海交通大学中医脾胃病诊治中心。

中医科成立于上个世纪50年代初，设有中医内科和中医肛肠科等亚学科。先后拥有上海市名中医2人。1992年建立中医病房，现设有床位24张。