重庆大学附属三峡医院内分泌代谢科/甲状腺中心于2023年11月17日正式成立，由原内分泌代谢科与甲状腺外科组成。中心内外融合，打破学科壁垒，现为重庆市内分泌代谢病学临床医学研究中心、重庆市临床重点专科，国家标准化代谢性疾病管理中心分中心、西部乳腺甲状腺专科联盟单位、渝东北垂体性腺生长发育特色专科联盟组长单位、国家药物临床试验资格认证专业、国家卫生健康委骨质疏松诊疗技术协作基地、区域性糖尿病防治中心。甲状腺外科是重庆市临床重点专科普外科的亚专业，2019年加入西部乳腺甲状腺专科联盟。内分泌代谢科/甲状腺中心由1个住院病区、4个医疗门诊、1个疾病教育管理门诊、1个糖尿病慢性并发症筛查门诊、1个药物临床试验中心、1个内分泌实验室组成。中心开放床位76张，年出院患者3200余人次，年门诊患者8万余人次，年甲状腺手术1000余台，累计完成甲状腺手术近5000台，其中包括颈部无疤痕的腔镜、达芬奇机器人手术近1000台，超声引导下甲状腺结节微波消融术500余台。拥有一支医疗技术精湛、医疗设备齐全、人才梯队合理、服务态度优良的团队。医疗团队共有21人，其中高级职称6人、中级职称11人、初级职称4人，博士4人（含在读）、硕士14人、本科5人，硕士研究生导师2人，重庆英才•青年拔尖人才1人，重庆市中青年医学高端人才1人。护理团队共26人，其中高级职称3人、中级职称14人、初级职称9人，本科学历24人、专科学历2人，拥有糖尿病专科护士10人、国际造口师1人。中心开展糖尿病及其并发症、甲状腺疾病、肥胖、胰岛素抵抗、高脂血症、生长发育异常（如矮小症）、痛风、月经紊乱、更年期综合征、骨质疏松、继发性高血压、下丘脑-垂体-肾上腺等疾病的诊治以及甲状腺和甲状旁腺良恶性肿瘤、颈部包块的手术治疗。学科引领前沿，技术精湛，业务扎实，在渝东北率先开展颈部无疤痕的腔镜及达芬奇机器人微创甲状腺手术，手术量已累计千台，并且在市内率先开展的超声引导下甲状腺结节微波消融术其数量和质量均达到重庆市领先水平。中心积极开展科研工作，承担了国家自然科学基金项目4项，重庆市自然科学基金项目1项、重庆市科技局项目3项、重庆市卫健委项目3项、万州区科技局项目10余项。开展新技术30余项。发表学术论文100余篇，其中SCI论文20余篇，CSCD 20余篇。2007年开展药物临床试验以来，共承接90余项临床试验，药物临床试验开展数量及完成质量居重庆领先地位。承担了重庆大学、重庆医科大学、西南医科大学、湖北民族大学、川北医学院、重庆三峡医药高等专科学校的研究生、本科生、专科生培养工作。承担住院医师规范化培训、护士规范化培训及进修生的培训工作。2007年开设糖尿病教育门诊，2013年获得CDS首批糖尿病教育管理单位认证；2015年获CDS首批糖尿病教育特色门诊；2015年再次通过CDS认证并获糖尿病教育管理示范单位。2019年获FGM动态血糖监测规范化教育中心。2024年5月授牌国家标准化代谢性疾病管理中心（MMC）分中心，打造“一个中心、一站服务、一个标准”的糖尿病诊疗新模式，开展线上、线下、院内院外的全病程管理服务。