温州建国医耳鼻喉科是医院发展科室。耳鼻喉科分设耳病科、鼻病科、咽喉科、鼾症科、儿童科、青少年学生特需门诊，实行专家三级会诊制度。耳鼻喉科创建至今，在医疗、教学、保健等方面取得了丰硕成果，并拥有多位北京耳鼻喉专家长期坐诊，凭着过硬的专家团队及技术，很多省内外病人前来就诊，在华东耳鼻咽喉界具有重要的影响力。