上海交通大学医学院附属仁济医院消化学科1984年由江绍基院士和萧树东教授创建，是国内消化科主要的医疗、科研和教学基地之一。仁济消化学科是国家（教育部）重点学科、上海市政府重点学科和上海市消化内科临床医学中心、上海市消化内科临床质控中心和国家卫健委消化内科重点实验室。2011年以卫生部评审全国第1名的成绩进入“国家临床重点专科”，以第2名的成绩进入“国家临床重点专科（卫生部重点实验室）”建设行列。同年，学科成为上海市第一批重中之重临床医学中心。仁济消化学科已连续4年蝉联中国医院最佳专科声誉排行榜消化病专科榜榜首。

仁济消化科（东、西、南院区）拥有住院床位166张，临床内镜中心4600平米，实验室场地1600平方米，并有完善、先进的基础和临床科研设备。近年来，每年门诊量超过70万人次，稳居全国第一位，汇集了来自全国各地的疑难危重患者，形成了消化道肿瘤及其癌前疾病、慢性肝病（自身免疫性肝病、药物性肝病、脂肪性肝病和重症肝病）、幽门螺旋杆菌及其相关疾病、炎症性肠病、消化系统心身疾病、小肠出血和内镜下早癌诊治等系列临床诊疗特色。每年内镜诊治超过26万人次，开展包括胶囊内镜、小肠镜、窄带成像和色素内镜、放大内镜、激光共聚焦显微内镜、自体荧光内镜、超声内镜、逆行胰胆管造影、内镜下黏膜切除技术（EMR、ESD、POEM）、消化管狭窄扩张和支架置入、食管胃静脉曲张内镜治疗等在内的检查和微创治疗技术，是全国开展内镜诊治项目最为齐全的机构之一。仁济消化人不仅践行了仁术济世、治病救人的宗旨，更把仁济经验写进了中国和全球健康史。学科现有在职的讲座教授1名，国家级高层次人才3名，博士研究生导师13位，硕士研究生导师18位。历年获得国家自然科学基金项目超过200项，发表SCI论文超过500篇，以第1完成单位获国家科技进步奖4项，省部级科技进步奖约30项。学科牵头制定和撰写了多部消化疾病领域的临床指南与专家共识，包括《中国胃炎共识意见》、《中国结直肠癌预防共识意见》、《自身免疫性肝炎诊断和治疗指南》、《药物性肝损伤诊治指南》、《炎症性肠病诊断与共识的治疗意见》、《幽门螺旋杆菌临床诊疗指南》等等。学科不仅在国内具有领先优势，在国际上也具有较高的学术地位和影响力。学科在幽门螺旋杆菌领域独创的四联疗法成为中国唯一入选国际指南的治疗方案；首创的沙利度胺治疗小肠血管畸形出血被美国胃肠病学会国际指南强烈推荐；开展的自身免疫性肝病诊断标准研究获国际指南引用和推广。仁济消化学科一直致力于促进基层专科医师成长和医疗水平提高，实现临床诊疗同质化。学科举办了继续教育学习班20余次，包括《肠道稳态失衡与大肠癌》、《自身免疫性肝病诊治进展学习班》、《胃肠道早癌诊疗高训班》、《炎症性肠病基础研究与临床新技术高级研讨班》、《慢性胃炎诊治研究进展》、《非病毒性肝病临床诊疗及健康管理关键技术》等等，每年为全国培训消化领域专科骨干百余名，大大提升了基层专科医生的临床诊疗综合能力，更好地为广大患者服务。