上海交通大学医学院附属仁济医院呼吸科，是上海交通大学医学院博士授予权学科、上海市呼吸专科培训基地、上海市科住院医师规范化培训基地，也是上海市医学会间质性肺病学组组长单位。呼吸科在仁济南院、东院、西院皆有建制，其中绝大多数医师获得硕（博）士学位，包括博士研究生导师、硕士研究生导师、主任医师、副主任医师，目前以肺癌的综合诊治、间质性肺病、慢性气道炎症性疾病、肺部感染、胸膜疾病等为分支的内科重要学科。目前，呼吸科设有普通门诊，肺部肿瘤、慢性炎症性疾病（支气管哮喘、COPD、慢性咳嗽）、戒烟、肺部感染等专病门诊；另外我们还设有肺功能室、气管镜室、肺功能室开展肺功能全套检测、支气管舒张试验、支气管激发试验；气管镜室拥有奥林巴斯荧光支气管镜及超声内镜定期开展经支气管镜细胞刷检，经支气管镜肺活检TBLB，支气管肺泡灌洗BAL，经支气管针吸活检TBNA，以及内镜下止血和取异物等项目。另外我们开展的项目有经皮肺穿刺、局麻下胸膜固定术、胸腔积液局麻下胸膜活检、胸腔积液和气胸的中心静脉导管穿刺引流和抽气。2020年新冠疫情肆虐，仁济医院呼吸科医护人员踊跃报名，近一半业务骨干在科主任蒋捍东教授带领下分别奔赴武汉雷神山医院及上海市公共卫生中心，奋战于抗疫一线，圆满完成上级赋予的光荣任务。