厦门大学附属福州第二医院肝胆外科主要从事肝胆胰脾、疝外科以及外科急腹症的诊治，对肝内外胆管结石、肝胆胰脾系统良恶性肿瘤等方面有深入研究，开展所有的肝胆胰脾系统疾病诊疗以及各种类型的腹外疝及腹内疝诊疗，同时承担创伤外科的救治工作。科室的特色医疗为：腹腔镜微创技术，是福建省最早开展腹腔镜手术单位之一，积累了丰富的腹腔镜胆囊切除（LC）经验。

开展腹腔镜肝癌切除术，腹腔镜肝血管瘤切除术，腹腔镜肝叶切除、腹腔镜脾肿瘤切除，先天性胆总管扩张症的微创治疗，腹腔镜保脾胰体尾肿瘤切除，肝囊肿开窗引流、双镜下胆总管切开取石、胆道探查、腹腔镜联合胆道镜经胆囊管行胆总管探查取石，腹腔镜阑尾切除，腹腔镜腹壁切口疝及造口旁疝修补。其中脐疝、膈疝、腰疝等腹腔镜微创手术最具特色。开展复杂性肝门部胆管癌、壶腹部周围癌、胰头癌等肝胆外科高难度手术及肝胆外科ERAS康复技术等。