厦门大学附属福州第二医院内分泌科是集临床、科研、教学为一体的内分泌代谢性疾病的临床科室，是福州市中西医结合重点专科及福州市糖尿病医疗质量控制中心。科室拥有免散瞳眼底照相机、动脉硬化检查装置（PWV/ABI）、神经传导速度检测仪等糖尿病并发症筛查设备，可开展糖尿病眼底病变筛查、糖尿病下肢血管病变筛查、糖尿病神经病变筛查等项目。

科室重点开展“糖尿病慢性并发症的规范化筛查、管理和治疗”，搭建福州市糖尿病慢病管理平台。科室有开展骨质疏松的规范化诊疗，可行骨转化和骨吸收指标的定期监测；开展甲状腺功能亢进、甲状腺功能减退、亚急性甲状腺炎等甲状腺相关疾病的规范化诊疗；开展原发性醛固酮增多症、皮质醇增多症、甲状旁腺腺瘤、垂体瘤、嗜铬细胞瘤、肥胖症、高尿酸血症、高脂血症、痛风的相关诊疗等。