福建医科大学附属第一医院眼科（眼科中心）是国家眼部疾病临床研究中心福建省分中心，福建省眼部疾病与视光学临床研究中心。

眼科是福建省眼科研究所、福建省斜视与小儿眼科防治中心、福建省颌面医学中心（眼科、耳鼻喉科、口腔科及整形外科）、国家眼科临床药理研究基地、福建省眼库、福建省医学会眼科学分会、福建省医师协会眼科医师分会、福建医科大学眼科学与视光学系、国家住院医师规范化培训基地、国家卫生部“视觉第一中国行动”福建省培训基地和福建省防盲办公室等的挂靠单位，是福建省眼科临床重点专科，国家眼科学博士硕士研究生培养点，集眼科医疗、教学、科研和防盲治盲为一体，规模大、专业齐全、技术力量雄厚、仪器设备先进、整体学术水平高。2019年中国医院影响力排行榜眼科专科排行全国的第22位，专科声誉排名多次进入华东区提名。

眼科人才济济，现有教授、主任医师9人，副教授、副主任医师14人，博士19人，在职博士5人，博士后1人。眼科学博士生导师2人，硕士研究生导师12人，享受国务院政府特殊津贴专家2人，省教学名师1人。

科室现开放床位数69张，其中日间手术床位15张，拥有独立的百级和万级层流手术室6间，引进当今国际一流的全套眼科诊疗设备，包括德国蔡司最新全飞秒屈光手术系统、美国博士伦、爱尔康、眼力健等主流品牌白内障超声乳化仪5台、超乳玻切一体机2台，德国Zeiss公司OCT、海德堡SpectralisHRAFFA+ICGA造影机、美国光视OptovueOCTA机、Pentcam眼前节分析仪、德国ROLAND多焦多功能电生理仪、加拿大OTI三维眼科A\B超、活体超声生物显微镜、角膜内皮细计数仪、科医人多波长激光、美国Avedro公司角膜胶原交联仪、德国蔡司和澳大利亚EllexUltraQReflexYAG激光治疗仪等。

诊治的疾病种类覆盖眼科常见病、疑难病和危重病。在省内率先开展了玻璃体切割治疗各种复杂性玻璃体视网膜病变、微切口白内障超声乳化人工晶体植入术、复杂性白内障手术、引流钉及引流阀治疗难治性青光眼、角膜移植、角膜交联、小儿眼病诊治、泪道重建、眼部整形、后极部异物及非磁性眼内异物取出术及眼眶肿瘤切除等高难度手术，诊疗水平达国内先进行列。

科室科研实力雄厚，承担包括国家自然科学基金在内的各种国家级和省部级科研课题50余项，在国内外核心期刊发表论文200余篇，获国家科技进步二等奖1项（合作单位）、省科技进步二等奖4项，三等奖8项，省医学科技二等奖1项，福建省教学成果一等奖1项，国家发明专利4项。主编和参编国家规划教材10余部。