福建医科大学附属第一医院胃肠外科二区是国家临床重点专科及福建省临床重点专科，也是福建省创伤医学中心重要临床基地，长期以胃肠道疾病的诊断和微创治疗理念为发展方向。科室团队技术高超，实力雄厚，处于省内领先水平，目前作为福建医科大学硕博士学位培养点以及博士后培养点、国家住院医师规范化培训以及专科医师临床与科研培训基地，是一个集临床、科研、教学于一体的胃肠道专科和胃肠道肿瘤中心。胃肠外科二区是福建省医学会外科学分会外科手术学组、福建省抗癌协会腹膜肿瘤专委会、福建省中西医结合学会普通外科分会、福建省中西医结合学会普通外科分会胃肠外科学组等社会团体的组长单位或者主委单位。该科室目前开放床位60张，配备医师20名，其中高级职称医师12名，中级4名，初级4名。科室人才储备充足，取得博士、硕士学位者占比90%以上，多位医师先后赴日本和美国进修学习。并且拥有博士生导师3人，硕士生导师6人。科室每年完成1500多台手术，开展的诊疗项目包括：胃癌、结直肠癌、肠瘘、炎症性肠病、胃肠间质瘤、胃肠息肉、直肠肛门良性疾病（痔疮、肛肠专业）、胃肠外科良性疾病的诊治（如减重手术、便秘手术、抗反流手术等）等胃肠道疾病。同时，科室长期致力于胃肠外科微创手术的研究探索，开展了包括腹腔镜和达芬奇机器人辅助下胃癌根治术、腹腔镜和达芬奇机器人辅助下结直肠癌根治术、腹腔镜和达芬奇机器人辅助下超低位直肠癌保肛手术、腔镜经肛门直肠癌全系膜切除术（Ta-TME）等学科前沿技术，大力推行规范的胃癌根治术、结直肠癌根治术治疗，深入贯彻加速康复理念（ERAS），积极传播胃癌和结直肠癌现代外科治疗新理念，在腹腔镜下胃癌、结直肠癌的新疗法领域有着突出的成绩。同时，科室本着以“患者为中心”的理念，特色化开展多学科讨论（MDT）制度，对肿瘤病例及疑难病例进行充分评估，详细分析，综合各学科意见，制定合理的治疗方案，对患者生存时间的延长、生存质量的改善至关重要。在科研工作方面，近年来科室获得3项国家自然科学基金和30余项省部级课题、福建医科大学重点科研项目，在恶性肿瘤领域的研究取得了一些列的研究成果。全科发表省级以上各类学术论文200余篇，其中SCI论文约40余篇，培养100余名研究生，为社会输送了大量的专业人才，先后获得福建省级、厅级医药卫生科技进步二等奖2项、三等奖4项，取得良好的社会效益。