江西省儿童医院消化科是医院重点专科，国家儿童医学中心消化专科联盟成员单位，国家儿科消化药物临床试验基地，现有编制病床55张；医师16人，高级职称7人，硕士生导师3人，博士1人；护士21人；10位医师分别在国内和省内多个学会任职。

科室对儿童呕吐、腹痛、腹胀、腹泻、黄疸、便血、便秘、消化不良、食物过敏相关消化道疾病；如难治性腹泻病、胃食管反流、食道炎、慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡、消化道大出血、过敏性肠炎、嗜酸细胞性胃肠炎、炎症性肠病；婴儿胆汁淤积症、巨细胞病毒性肝炎、EB病毒性肝炎；希特林蛋白缺乏症、Alagille综合征、进行性家族性肝内胆汁淤积症、肝豆状核变性、胰腺炎等消化系疾病的诊治有丰富临床经验。

开展了无痛胃肠镜、胶囊内镜应用于儿童全消化道疾病的诊疗，如消化道取异物术，内镜下扩张术，内镜下置管肠内营养术，内镜下息肉摘除术、内镜下钛铗止血和注射药物止血；13碳尿素呼气为儿童无痛检查幽门螺杆菌和24小时胃酸监测在胃食管反流诊断中的应用；超声引导下经皮肝穿刺术以及遗传代谢性肝病的筛查在不明原因肝病中的应用；肠内肠外营养在儿童消化系统疾病中的应用。胃镜对无皮疹型过敏性紫癜早期诊断等多项技术为儿童胃肠、肝胆胰疾病的健康保驾护航。

在科研教学方面，从2005年以来全科共承担省科技厅及卫计委科技计划项目40余项，其中省重点研发项目1项；在国内外刊物共发表学术论文120余篇，其中SCI论文2篇；参与国家儿童消化相关疾病诊治共识和指南编写11编，发明专利2项，参编书籍5本，其中教材2本；培养硕士研究生近20名。