仪征市中医院肛肠科创立于建院之初，2001年被确定为“仪征市中医重点临床专科”，现已发展成为在仪征地区较有影响力的特色专科，年门诊量6千多人次，年出院3百多人次。是江苏省区域中医肛肠诊疗中心专科联盟及苏北人民医院医疗集团中医肛肠联盟成员单位。2019年10月在本院成立了扬州市名中医管甲生专家工作室，现常年特聘专家来院门诊、手术。设立单独的换药室、检查室、中药熏洗间及示教室等。拥有肛肠治疗仪、微波治疗仪、肛管测压仪、高频电针、中药熏洗仪等先进肛肠医疗设备。本科能全面熟练开展痔病、肛瘘、肛裂、肛周脓肿、直肠息肉、肛周湿疹、肛管直肠狭窄、骶尾部囊肿、藏毛窦、下消化道出血、肛门瘙痒症、结直肠肿瘤、功能性便秘、炎症性肠病等常见病多发病的常规诊疗。本地区率先运用PPH、RPH等新技术进行微创无痛手术。运用中医理论辨证施治慢性便秘、泄泻、溃疡性肠炎、克罗恩病、肛周湿疹、直肠粘膜松弛等顽固性疾患，中医药特色疗法显著，先后在国家、省级核心期刊发表专业学术论文数十篇，作为协作单位协助江苏省中医院肛肠科完成《挂线结合推移粘膜瓣技术在肛周脓肿保留括约肌根治性手术中的应用研究》科研课题，该项目已于2014年10月份经江苏省中医药管理局验收通过。对肛肠科少见病、疑难病也有较高的诊疗水平；充分发挥中医药简、便、廉、验的特色，在治疗炎症性肠病、功能性便秘、肛周湿疹、肛门瘙痒症、肛窦炎等疾病取得了较好的临床疗效。采用中药内服、外敷、坐浴及局部药物注射，结合手术治疗肛肠疾病，如内痔、外痔、混合痔、高低位肛瘘、肛裂、肛门部湿疣、直肠息肉等疾病疗效显著，尤其是对环状混合痔的一次性根治疗法具有疗程短、疗效好、并发症和后遗症少的特点，该科研课题曾被仪征市表彰为科技进步三等奖。