安徽医科大学第二附属医院肿瘤系国家肿瘤科药物临床研究基地、安徽省临床重点学科和肿瘤学系所在单位，现有4个病区编制床位147张，各级各类职称医生40余人，放疗物理师2人，并且有一支技术精湛服务优良的护理团队。该科将肿瘤化疗与放疗、心理肿瘤、中医药治疗和射频消融治疗等高度融合，多学科综合治疗及个体化高效执行，是安徽省级三甲医院中最具特色的单位。

具有诊治各种肿瘤疑难杂症的能力，能常规开展深部脏器经皮穿刺活检，施行全锥体、肝胆胰脾等腹腔各脏器以及全腹腔放疗、再程甚至多程放疗等技术。该科灵活使用多学科治疗手段，顽固难治性癌症疼痛等肿瘤并发症基本都能得到有效控制。作为国家肿瘤药物临床研究基地，病人有可能在这里得到最新的肿瘤治疗。以重大、常见临床问题为基础开展科学研究，有能力承担国家、省部级自然科学基金项目。。