安徽医科大学第二附属医院呼吸内科是安徽省临床医学研究中心（呼吸与危重症医学）、安徽省“十三五”重点专科、安徽医科大学第二附属医院重点发展专科；安徽省呼吸内科住院医师、全科医师规范化培训基地；国家食品药品监管局认定的药物临床研究机构；安徽医科大学呼吸内科学、老年医学硕士点、博士点。科室包括目前四个病区（亚专科），4个附属功能室，实际开放床位162张，业务用房面积6400㎡。科室共有医护人员80余人，医师24人，专职科研人员2人，博士9名，硕士17名；教授1名，副教授4名。目前科室拥有博士生导师1名，硕士生导师8名。主持国家自然科学基金4项，省厅级科研基金11项。近5年，在国内外学术期刊上发表论文多篇，其中SCI收录文章40余篇，中文核心期刊20余篇。肺部感染亚专科致力于肺部感染性疾病的精准治疗，团队通过气管镜、胸腔镜、经皮肺穿刺等操作技术，利用高通量基因测序技术、组织培养及生物标志物等方法明确感染病原体并实施精准治疗。亚专科对多重耐药肺部感染、肺部深部真菌（隐球菌、曲霉菌和念珠菌）感染、非结核分支杆菌（NTM）感染、免疫抑制患者感染、少见病原体（鹦鹉热衣原体、放线菌等）感染有丰富的诊治经验和处置能力。肺癌与呼吸介入诊疗亚专科病区，开展肺癌的标准化治疗、无痛超声支气管镜诊疗、支气管镜下高频电、氩气、冷冻、球囊扩张、支架置入技术、硬质支气管镜、内科胸腔镜诊疗技术，CT引导下经皮肺穿刺射频或微波消融等多项新技术，将建成以呼吸介入诊疗为特色的肺癌治疗中心。呼吸内科（RICU）开设床位22张，其中包括负压病房一间。拥有PB840、飞利浦V60、万曼等多种品牌呼吸机、经鼻高流量氧疗仪、雷度经皮血氧二氧化碳监测仪等精密监测及呼吸治疗设备，重点开展无创及有创新模式机械通气、床边经可视支气管镜支气管肺泡灌洗术、无创经皮血氧二氧化碳分压动态监测等技术。安徽医科大学第二附属医院呼吸内科成立10余年来，致力于不断提高医疗服务水平，同时积极履行社会责任。在抗击新冠肺炎疫情中，驰援湖北武汉、孝感、安徽阜阳、蚌埠等地，呼吸与危重症医学科党支部荣获“全省卫生健康系统抗击新冠肺炎疫情表现突出集体”称号，多名个人先后荣获安徽好人、安徽省五一劳动奖章、安徽省抗击新冠肺炎疫情先进个人等诸多荣誉称号。