安徽医科大学第二附属医院消化内科是临床特色专科及首批重点扶持学科，临床博士学位及硕士学位授予点，目前有博导1名，硕导4名。科室由消化专科病区以及消化内镜诊疗中心组成。病房共设三个病区，设施先进、环境优美、服务优质。可开展常规胃肠镜、无痛胃肠镜、超声内镜、十二指肠镜、胆胰内镜等检查与治疗。建科以来多次被评为“优质服务科室”和“效益贡献奖”。科室目前有5个成熟的亚专科方向：1.消化道早癌及肿瘤的内镜下治疗：包括消化道息肉内镜粘膜切除术（EMR）；消化道早期癌及癌前病变精细检查与内镜粘膜下剥离术（ESD）；消化道粘膜下肿瘤如间质瘤、平滑肌瘤等内镜粘膜下挖除术（ESE）、内镜下全程切除术（EFR）、内镜粘膜下隧道肿瘤切除术（STER）以及治疗贲门失迟缓症经口内镜肌切开术（POEM），内镜下消化道异物取出术；消化道肿瘤内镜下化疗药物缓释粒子植入术。2.胆胰疾病的内镜诊治：ERCP用于胆管结石及胆管炎的诊治；超声内镜诊治（包括胰腺及腹膜后肿瘤的穿刺、消化道肿瘤的术前评估）。3.炎症性肠病的综合治疗：将肠内营养、粪菌移植技术应用于临床，形成特色诊疗，已申请成立肠道微生态移植治疗中心，开展粪菌移植术治疗伪膜性肠炎和难治性炎症性肠病。4.胃肠动力及功能性疾病的综合治疗：病房已有胃肠功能治疗仪、肠屏障功能分析仪以及胃肠动力检测系统，可以开展功能性胃肠病的生物反馈治疗，肠屏障功能检测，食管及肛管测压，24小时PH测定，胃电图和生物反馈。5.肝脏疾病的规范化治疗：肝硬化失代偿期伴食管胃底静脉曲张的内镜治疗以及慢性肝病、药物性肝损、自身免疫性肝病的内科治疗。科室技术力量雄厚，人才梯队完善，共有医师34名，其中正高级职称3人，副高级职称8人；所有医师均有硕士及以上学位，其中博士学位5人，在读博士5人。承担国家自然科学基金1项、安徽省自然科学基金、教育厅自然科学基金、安徽省卫生厅研究项目多项，已在中华系列、CSCD以及SCI等国内外期刊发表中英文学术论文50余篇。同时承担安徽医科大学本专科临床医学教学任务及外院进修医师的培训工作。