湖州市中心医院感染内科创建于1990年，学科现拥有感染、结核病、肝病、艾滋病、新发传染病等5个亚专科。目前有2个病区共78张床位；另有2个战备呼吸道隔离病房，21张床位。4个诊疗组，6个门诊(包括肝炎、结核、艾滋病、发热、肠道、普通感染病)，年门诊量5万余人次，住院病人2000余人次。目前科室医生25人，其中正高职称5人，副高职称3人，中级职称12人，硕士生导师2人，硕士研究生11人。

感染病学科于2005年建成为湖州市重点学科，2008年成为湖州市感染性疾病诊疗中心，2013年成立浙北地区唯一的感染病院士工作站-“李兰娟院士工作站”，2014年成为省医师协会感染病学科省级重点专科，2018年成立全国脂肪肝规范诊疗中心（全省2家地市级三甲医院之一）。2019年成为省市共建医学扶持重点学科、浙江省感染性疾病临床医学研究中心核心单位、长三角艾滋病诊疗创新联盟单位；2020年成为中国真菌病监测网检测单位。

感染内科目前是湖州市应对突发公共卫生事件中心，在新冠肺炎、H7N9禽流感、埃博拉出血热、霍乱、登革热等突发公共疫情中，成功救治多例疑难重症患者。