嘉兴市妇幼保健院儿科由新生重症监护中心、儿科病区组成。其中新生儿症监护中心是嘉兴市重点学科，收治出生在本院及外地的重危新生儿，在新生儿肺炎、新生儿窒息、高胆红血症、颅内出血等新生儿疾病的诊治方面积累了丰富的临床经验，尤其在多胎儿、早产儿、低体无数危重患儿、极低体重儿的管理，新生儿窒息的复苏方面成绩斐然。

儿科病区以各类新生儿疾病，小儿呼吸系统、消化系统疾病的诊治为特色，在本市及周边地区享有很高的声誉。