嘉兴市第一医院是嘉兴市感染性疾病定点诊治医院。感染性疾病科是嘉兴市医学重点学科（支撑学科），嘉兴市病毒相关性传染病重点实验室、嘉兴市传染病诊疗质量控制中心负责单位；承担本地区各类感染性疾病的诊断、教学和临床救治工作，在嘉兴市突发公共卫生事件（如SARS、手足口病、禽流感、甲型流感、新型冠状病毒感染等）中发挥传染病诊治、防控的主导作用。感染科拥有各级专业医师28人，是目前嘉兴市技术力量最强、医疗设备领先的特色专科，是嘉兴市的感染性疾病诊治中心。现开设2个病区，床位95张。感染科专业技术力量雄厚，在多年的临床工作中，形成了以“慢性肝病规范化诊治及管理”、“终末期肝病及肝癌综合诊治技术研究”、“疑难发热感染性疾病规范诊治及机制研究”和“艾滋病个体化治疗、免疫机制研究及长期管理”为主的四个稳定的研究方向。对各类肝病、重症肝病、肝衰竭抢救治疗领域在嘉兴市领先，该科在嘉兴率先开展了“人工肝”血浆置换技术，通过“人工肝”系统治疗多种原因引起的肝功能衰竭，为患者赢得更多的生存机会。率先引进肝脏无创瞬时弹性检测仪，有效提高肝纤维化、脂肪肝的诊断率，对各种原因的肝病包括酒精性肝病、药物性肝病、病毒性肝病、自身免疫性肝病等具有良好的诊断价值，更好地为嘉兴老百姓健康保驾护航。尤其对各种肝炎、脂肪肝、药物性肝损、酒精性肝病、中毒性肝损等采用各种有效的综合性治疗，获得了满意的效果。在晚期肝病、肝硬化、肝癌等诊治方面取得一定进展，开展经颈静脉肝内门腔静脉分流术（TIPS）、肝囊肿硬化剂治疗、疑难肝病活检术等领先技术。2016年开展“乙肝母婴阻断零传播工程”项目，是中国肝炎防治基金会和中华医学会感染病分会核定的全国百家防治医院之一。2017年成立嘉兴市肝病研究所，2018年参与浙一医院李兰娟院士的《国家十三五重大传染病防治科技专项---不同乙肝疾病进展危险度肠道微生态干预技术方案研究》。2020年至今参与中国肝炎防治基金会组织全国200余家医院联合的“乙肝临床治愈”项目，已实现乙肝临床治愈的患者高达100余名。积极参与“名医到嘉”项目，2020年加入上海交通大学附属瑞金医院感染科专科医联体，每月邀请上海专家来我院肝病特需门诊，让老百姓不出家门就能享受一流的诊疗服务。感染科承担嘉兴学院医学院传染病学教学任务。先后承担省市级科研课题及嘉兴市第一医院课题20余项。每年发表在SCI、中华及省级以上杂志高水平论文10余篇，获得各类专利30余项。每年举办杭嘉湖三市感染病学术年会，“日本血吸虫病肝纤维化发展机制及其防治的临床研究”课题，获得省卫生厅2006年度科技创新二等奖，获嘉兴市科技进步一等奖。主办了《基层医院新发传染病诊治能力提高班》、《慢性乙型肝炎规范化管理学习班》、《基层医院传染性疾病防护技能提高班》、《新型冠状病毒肺炎防控技术提高班》等多项国家级、省级和市级继续教育项目，培训基层医护人员千余人次。常年开设肝病门诊、肠道门诊、发热门诊、感染门诊、手足口病门诊、脂肪肝门诊及艾滋病关怀门诊。