广东医科大学附属第二医院感染科从建院之初就已设置，成为早期医院内、外、妇、传四大临床专业之一。2021年1月，传染病专业更名为感染内科，现有专业医师5人（副主任医师3人，住院医师2人）。护士9人。

科室设置感染内科普通门诊、肠道门诊及感染内科病房，承担医院各类传染病的防控及传染病教学、科研任务。病区固定设置病房8间，病床8张（根据需要可临时扩编）。病区有心电监护设备，具备一定的危重症患者救治能力。

科室特色技术：感染内科专长于病毒性肝炎、酒精性肝病、各类肝硬化、重型肝炎、脂肪肝以及各类呼吸道传染病、虫媒传染病和感染性腹泻的治疗。和重症医学科合作开展了人工肝支持技术的治疗，在各类肝病诊疗在本市有相当好的口碑。