深圳市南山区妇幼保健院妇科，是医院重点支持发展的科室，现有妇科肿瘤、生殖内分泌、不孕不育、普通妇科、计划生育、宫颈疾病及盆底疾病等亚专科，拥有一支医德高尚、医术精湛、高素质、高学历的专业队伍。目前共有医生23人，其中，硕士研究生导师1人，主任医师2名、副主任医师6名、硕士研究生7名。
妇科病房床位53张，科室以内镜微创治疗技术为特色，适应病人微创、无痛、住院日短、恢复快的治疗要求，重点发展内窥镜应用技术及各种经阴道微创手术。医院配备有多台国际品牌宫腔镜、腹腔镜及电子阴道镜等内窥镜系列；百克剪、超声刀、PK刀电切系统及美国进口LEEP刀等，拥有当今最先进的宫颈癌筛查方法LCT及HPV-DNA检测手段；德国西门子彩超、四维立体彩超；先进的妇科内分泌及不孕不育全套检测手段。目前妇科拥有实力雄厚的专业医师队伍，并为广大妇女开展以下特色专科服务：
（一）微创治疗系列专科
在传统开腹宫颈癌广泛性子宫切除术、子宫内膜癌行次广泛性子宫切除术、全子宫切除术、子宫肌瘤剔除术、卵巢囊肿剔除术、宫外孕手术等业务的基础上，妇科全力打造微创治疗新观念，开展宫、腹腔镜、阴式手术等微创手术，为广大的妇科肿瘤、不孕不育、盆底功能障碍患者提供专业有效的治疗。
应用宫腔镜诊治异常子宫出血、子宫腔占位病变、不孕症、宫腔粘连、宫腔异物、子宫粘膜下肌瘤、子宫纵膈、子宫内膜息肉等疾病；应用腹腔镜治疗宫外孕、黄体破裂、盆腔炎、不孕症、子宫肌瘤、卵巢肿瘤、子宫内膜异位症、慢性盆腔疼痛等；经阴道手术是利用阴道这个天然的穴道进入盆腔进行的妇科手术，不需在腹部做任何切口，具有对人体损伤小、痛苦少、并发症少、恢复快等优点。医院拥有先进的新式阴式手术器械，开展阴式全子宫切除术、阴式子宫肌瘤剔除术、粘膜下肌瘤摘除术、曼切斯特氏（宫颈切除）手术、阴道囊肿剥除术、阴道横膈、纵膈切开术、阴道成形术、子宫脱垂阴道前后壁修补术、阴道缩窄术及处女膜修补术等阴式手术，取得满意效果，并受到广大妇女患者的欢迎。
（二）分泌、不孕不育专科
深圳市南山区妇幼保健院内分泌不孕不育专科自2004年建立以来引入宫腔镜、腹腔镜、先进的实验室设备及更年期妇女保健分析软件等。并已接诊治疗了众多不孕症、多囊卵巢综合症、围绝经期综合症、高泌乳素血症、高雄激素血症、性分化异常、闭经、功能失调性子宫出血等患者。开展腹腔镜下输卵管整形术、卵巢打孔术、子宫肌瘤切除术、子宫内膜异位症手术等；宫、腹腔镜联合诊治不孕症，宫腔镜下输卵管插管通液术、宫腔粘连分离、子宫纵膈切除等手术。
深圳市南山区妇幼保健院内分泌不孕不育专科针对排卵障碍的不孕症患者有效的促排卵方案，使得60％的排卵障碍不孕症患者受益。拥有先进的更年期妇女保健分析软件为患者提供安全、有效的更年期用药指导，提高更年期妇女的生活质量。完善的实验室检查提高内分泌疾病的诊断能力，如染色体分析，性激素、17－羟孕酮、皮质醇、硫酸脱氢表雄酮、胰岛素等检查。
医院开展全套妇科内分泌检查方法，对月经不调、卵巢早衰、闭经、月经过多、高泌乳素血症、多囊卵巢综合症等内分泌失调疾病有丰富的诊治经验。开展优生优育、不孕不育全套检查，采取多项监测排卵措施，配合先进的宫、腹腔镜诊治技术，成功地治疗各种不孕不育病人。
经过多年的不懈努力，深圳市南山区妇幼保健院内分泌不孕不育专科已进入成熟发展期，多次获深圳市级科研立项及南山区科研立项。专科发展方向是建立一个高效的生育力评估团队，为广大的不孕不育患者提供最有效和迅速的治疗和意见指导。
（三）宫颈疾病专科
深圳市南山区妇幼保健院宫颈疾病专科是国家卫生部挂牌的子宫颈癌早诊早治示范基地，开展子宫颈癌筛查项目10余年，具备成熟完善的宫颈病变的诊疗技术。宫颈病变的诊治以微创手术为特色，以最小的创伤达到最佳的治疗为目的，具有痛苦小、微创伤、恢复快、疗效好等特点，为患者提供高效、优质的诊疗服务。专科具备薄层液基细胞学（LCT检测）和HPV基因分型检测的技术、先进的电子阴道镜和LEEP刀等国内、国际先进诊疗设备和技术。建科以来，发现了多例宫颈上皮内瘤变、宫颈原位癌、宫颈浸润癌患者，并为其提供了及时有效的治疗。建立了系统、完善的病历档案，利于患者进行全面、规范的宫颈癌筛查服务及追踪、随访治疗，为广大女性朋友在子宫颈癌早诊早治方面起到了积极有效的作用。
应用当今最先进的宫颈癌筛查方法--LCT（液基细胞薄片制片技术）及HPV-DNA检测系统，根据临床检查及检测结果，制定规范化的宫颈病变治疗方案。拥有世界先进的电子阴道镜设备、美国进口LEEP刀，根据不同程度的宫颈病变，成功开展宫颈LEEP治疗、宫颈BBT（射频消融）治疗、微波治疗、宫颈冷刀锥切等宫颈病变的治疗方法。
（四）计划生育专科及PAC门诊
妇科建有PAC(人流后关怀))门诊，为广大因意外怀孕或稽留流产需终止妊娠的患者提供终止妊娠及人流后的恢复及避孕指导。同时开展无痛清宫、药物流产、中孕引产、结扎术等节育手术。拥有不同类型、不同档次的宫内节育器供病人选择，包括T铜220环、新体380环和世界先进的“曼月乐”宫内节育系统。“曼月乐”由于具有孕激素缓释系统，不仅能避孕还能成功阻止宫外孕发生，它在治疗子宫腺肌症、月经过多、痛经方面有较好的治疗作用。深圳市南山区妇幼保健院作为国家计生委项目协作单位开展人流术后即刻放置“曼月乐”避孕，为患者提供全面保护。
专科开展生殖道感染、性传播疾病检测及治疗，具备先进的宫颈分泌物衣原体、支原体培养技术，快速检测念珠菌、滴虫、细菌性阴道病、人乳头状病毒、单纯疱疹病毒等病原微生物，免费为孕妇检测艾滋病、梅毒等抗体。深圳市南山区妇幼保健院目前是国家卫生部生殖道感染防治试点项目单位，为生殖道感染女性提供安全有效的治疗措施。