中国科学院大学深圳医院小儿外科，是深圳西部地区一家专业化的小儿外科，可诊治0-14岁之间的新生儿、婴儿、幼儿、儿童的各种外科疾病。目前已经建设成为涵盖新生儿外科、小儿普外、小儿泌外、小儿胸外、小儿骨科、小儿神经外科及脑瘫科等专业的综合性科室。

科室现有副主任医师1名，主治医师2名，岗培医师1名。对各种先天性畸形如食管闭锁、先天性膈疝、食管裂孔疝、十二指肠闭锁、小肠闭锁、肠旋转不良、肥厚性幽门狭窄、巨结肠、各种肛门畸形、隐睾、脑脊膜膨出、畸胎瘤、淋巴管瘤、胆总管囊肿、胆道闭锁、新生儿坏死性小肠结肠炎等有独特的诊治方法。

开展的先天性巨结肠根治术新术式，经肛门不开腹、出血少、创伤小，具有领先的地位；腹股沟斜疝、鞘膜积液、隐睾采用小切口手术，住院时间短，术后恢复快，不拆线，切口美观。肠套叠诊断治疗仪，采用非手术的空气灌肠方法进行复位，复位率达到95%以上。科室拥有德国STORZ小儿腹腔镜可开展最小1个月内新生儿腹腔镜手术及治疗。

科室开展的脑瘫手术有：精准肉毒素注射、选择性脊神经后根切断术(SPR)、周围神经缩窄术(SPN)、颈动脉外围交感神经网剥脱术(CPS)、脑瘫肌张力调整术、肌腱移位功能重建术等。科室完成的单孔腹腔镜小儿疝囊高位结扎术填补了空白，并已完成多例新生儿外科手术，是深圳市能够开展单孔腹腔镜疝囊高位结扎术及新生儿外科手术的少数医院之一。

科室现与浙江大学医学院附属儿童医院属于深圳市“三名工程”对口单位，国内知名儿外科专家不定期开展临床手术工作，使深圳市光明区儿童能够足不出户的享有高质量的医疗服务。