宁波市杭州湾医院肛肠外科亚专业组由上海交通大学附属仁济医院及中国科学院大学宁波华美医院（宁波市第二医院）共同管理运营。该亚专业组依托仁济医院胃肠外科，致力于结直肠肿瘤的内外科治疗，以及痔疮、肛瘘、肛周脓肿、肛裂等肛周常见疾病的诊断及治疗，本亚专业目前已常规开展腹腔镜下结直肠肿瘤根治术、超声引导下痔动脉结扎术、痔上黏膜环切术及肛瘘栓填塞术等微创治疗手术，年门诊量及手术量在余慈地区名列前茅。另常规开设电子肠镜检查及内镜下肠道息肉摘除术。