北京市丰台中西医结合医院外科（外一科、外二科）是集医疗、科研、教学于一体的临床科室，由原外科高年资医护班底组建而成，拥有纤维胆道镜、直乙镜、超声刀、红光治疗仪器、激光治疗仪、膀胱镜、输尿管镜、碎石机等多套设备。目前开放床位25张现有医护人员22人，其中主任医师1名、副主任医师3名、主治医师4名、住院医师2名、主管护师4人、护师2人、护士6人。
科室长期致力于普外、胃肠、肝胆、肛肠、泌尿、营养恢复等各科疾病的治疗。如胃肠道疾病，针对胃肠道肿瘤、结直肠肿瘤早期患者的手术根治，中期患者的手术治疗配合化疗和营养干预治疗及分子靶向治疗等综合治疗，胃肠道息肉、结直肠息肉手术治疗，肠憩室手术治疗，肠道慢性炎症手术治疗，胃肠道难愈性溃疡、瘢痕狭窄手术治疗；肝胆类疾病，肝脏肿瘤，胆囊肿瘤，胆管肿瘤，肝脓肿，肝囊肿，肝胆管、胆囊结石，胆囊息肉；肛肠疾病，肛膀脓肿、肛周脓肿、肛瘘、内痔、外痔、混合痔、便血、肛管直肠乙状结肠疾病治疗，痔微创治疗，痔套环结扎治疗；泌尿系统疾病，泌尿系结石；前列腺增生的电切治疗、肾囊肿腔镜下治疗；泌尿系肿瘤的治疗等。
北京市丰台中西医结合医院外二科成立于2018年5月，是集医疗、教学、科研于一体的临床科室。病房设有床位25张，门诊设有外二科普通门诊、专家门诊和中医外科专病门诊。现有副主任医师2名、主治医师2名、住院医师4名、主管护师1名、护师3名、护士4名、博士1名、硕士3名。
作为手术治疗为主的科室，外二科坚持“以人为本、中西结合、患者至上、质量第一”的治疗原则，在治疗中充分发挥中医优势，注重中西医结合。手术治疗可以直接、有效地去除病灶，体现着中医“祛邪”的治疗宗旨；围手术期的中医综合调理，体现着中医的整体观，对患者的康复起着至关重要的作用。
科室下设乳腺、甲状腺、疝、胰腺、周围血管、胸外、体表感染性疾病、肿瘤的综合治疗等专业。各专业的主治病种如下：乳腺专业，哺乳期积乳、急性乳腺炎、乳房脓肿、慢性乳腺炎、乳腺增生、乳腺肿物等；乳腺癌早期诊断及癌前病变筛查；早期乳腺癌的系统、规范的综合治疗；晚期、复发转移癌的个性化综合治疗；乳腺癌术后监测及随访；甲状腺专业，颈部肿物、急性甲状腺炎、亚急性甲状腺炎、慢性甲状腺炎（桥本氏病等）等；疝专业，腹股沟疝、股疝、切口疝等；胰腺专业，胰腺炎、胰腺肿物等；周围血管专业，下肢静脉曲张、脉管炎、淋巴水肿等；胸外专业，肋骨骨折、气胸、肺损伤等；体表疾病专业，丹毒、蜂窝织炎、体表肿物等；肿瘤专业，肿瘤的综合治疗。