福建省儿童医院小儿外科现有高级职称1人、中级职称3人，硕士3人。共开放床位44张，开展颈部、腹部及盆腔各种常见病，新生儿疾病及疑难病诊断与手术治疗，尤其擅长腹腔镜微创外科手术，如胆总管囊肿根治术、先天性巨结肠根治术、食管裂孔疝修补术、脾切除术、肠旋转不良ladd术、幽门环肌切开术、经腹膈疝修补术、经腹膈膨升折叠术、先天性肛门闭锁Pena术、腹盆腔肿物切除术、阑尾切除术及腹股沟斜疝修补术等微创外科手术治疗，同时对颈部病变（第一鳃裂囊肿、梨状窝瘘）、腹部创伤、肝胆胰疾病及新生儿腹部先天性畸形、腹部恶性肿瘤等规范化治疗有丰富的临床经验，诊疗水平省内领先。

科室与复旦大学附属儿科医院、首都医科大学附属北京儿童医院及美国加州马德拉医院小儿外科构建长期的学术交流与合作关系。