温州市中心医院感染科前身是温州市传染病医院。承担温州市传染性疾病和突发公共卫生事件隔离诊治任务，是我市各类肝炎、麻疹、伤寒、肺结核、腹泻、艾滋病以及肺炎等感染性疾病的定点收治单位。

对各类肝病、呼吸道、肠道等感染性疾病有着丰富的临床经验和诊疗技术，是温州市唯一能对肝炎病毒进行基因分型检测的科室。

病房是目前温州市唯一一家独立设置的感染病大楼，并能对疾病进行分病区、病种隔离；目前设消化、呼吸、综合三个病区；设肝病、呼吸、肠道、发热四个门诊。