温州医科大学附属第一医院移植科是从1999年开展亲属活体供肾移植，其数量及质量均居浙江省第一。至今已施行肾移植手术800余例，每年可施行肾移植手术100余例。肾移植术后患者存活已达18年以上，特别是移植长期存活率在国内位于领先地位。2001年，在张启瑜院长亲自主持下率先在浙南地区开展肝脏移植手术。同年又相继开展了胰肾联合移植、肝肾联合移植等大器官、多器官联合移植。在短时间内，肝脏移植术日臻成熟，移植效果也达到国内同等先进水平。至今已经成功施行了20多例肝脏移植手术，现以每月几例的速度递增，是该院的一项常规手术。为温州及周边地区的终末期肝病的治疗找到了新的途径。2003年初，由心脏内科、心胸外科、移植中心、ICU等多个学科通力合作，开展了浙南地区首例心脏移植手术。这是温州医学院附属第一医院在器官移植方面开创的又一个新纪元，也标志着温附一院整体医疗水平又更上一层楼。2004年3月31日，患有心源性休克伴有多脏器功能损害的病例做急诊心脏移植手术获成功，该手术在浙南尚属首次，全国也鲜见报道。目前已开展心脏移植手术多例。