安徽医科大学附属阜阳医院内分泌风湿免疫科位于住院部南楼16楼，目前床位37张，主任医师1人，主治医师3人，硕士医师6人；护理人员14人，主管护师2人，护师4人，本科学历4人。常规诊疗项目科室诊疗范围除糖尿病及甲状腺疾病外，还有下丘脑、垂体、肾上腺、性腺疾病，以及骨质疏松症、痛风和其他少见疑难病症。在治疗及检查方面，紧跟国内外前沿新技术，目前科室拥有胰岛素泵、动态血糖监测系统、周围神经检测仪、神经治疗仪、多普勒血流检测仪、眼底照相机等仪器，Perimed经皮氧分压检测仪、GElunar双能X线骨密度仪等进口先进诊疗仪器和设备正在采购中。目前科室常规开展项目有：胰岛素泵强化治疗、难治性糖尿病患者“3C”治疗、甲状腺疾病微创介入治疗、肾上腺静脉取血、动态血糖监测等。