华山医院消化科成立于1964年，国家临床重点专科、复旦大学消化病研究所所长单位、华山医院分子与转化医学研究所临床疑难病例研究部主任单位，在消化系肿瘤个体化综合免疫治疗、消化内镜创新型技术诊疗、消化系疑难/罕见病诊疗等领域处于行业领先地位。学科承担国自然创新研究群体、国家重点研发计划、国自然重点项目、重点国合等；牵头上海智能肿瘤药物工程技术研究中心、上海市高水平高校创新战略团队、上海国际人类表型组研究院免疫表型组研究所、免疫性疾病诊疗交叉科学创新研究院。

现科室成员35人，其中正、副教授12名，硕博导6名，设有博士后流动站。拥有国自然创新群体带头人1名、国家杰出青年基金获得者1名、国家教育部长江学者奖励计划特聘教授1名；国家中组部青年拔尖人才1名、国家人事部新世纪百千万人才工程国家级人选1名、国家教育部新世纪优秀人才资助计划1名、赛克勒中国医师年度奖获得者1名；上海市领军人才1名、上海市优秀学科带头人1名、上海市启明星2名、上海市扬帆计划1名、上海市医苑新星杰出青年医学人才1名。

科室现任学科带头人及科主任为刘杰教授，国自然创新群体带头人、“长江学者”奖励计划特聘教授、国家“杰出青年基金”获得者、复旦大学特聘教授、上海市领军人才、上海市优秀学科带头人。现任副主任及科室中心工作组成员：钟良、刘懿、丁伟群、孙旭、罗忠光、骆菲菲。