海南省第三人民医院感染科是成立最早的科室之一，其1962年建院之初，就成立传染病科，2003年更名为感染科。原有17张床位，1980年从月川搬迁到三亚市解放路1154号，盖有三排一层的混合结构平房，共有28间平房，设有床位56张。分为收治肝炎、痢疾等肠道传染病区，收治疟疾、登革热等虫媒传染病区及收治结核病等呼吸道传染病区，其环境优美、空气优良。病人在院子里可以自由活动，减少心理压力。有利于身体康复。

于2004年新建感染科楼并于2005年投入使用，集病房、门诊于一体，是海南省南半部地区目前规模最大、专业人员较齐备的感染性疾病专科，承担着海南省南半部地区传染性疾病的诊治工作。特别是在2020年新冠疫情爆发，其防控作用起到了不可磨灭的功劳，由于新的防控要求，其感染科住院部于2023年7月已搬到三亚市吉阳区吉阳大道三亚市公共卫生临床中心，继续作为海南省南半部地区传染病防治中心工作；并于2024年4月正式开业接收传染病患者。但在三亚中心医院仍保留肠道门诊、肝病门诊、呼吸道、发热专科门诊。基本满足为广大市民对感染性疾病的咨询、保健、诊断和门诊治疗服务。

感染科现有医护人员9名，其中主任医师1名，副主任医师1名，主治医师4名，住院医师2名，副主任护师1名。感染科主要收治各种重型结核病、病毒性肝炎、失代偿期肝硬化、艾滋病、艾滋病合并机会性感染、不明原因发热及其他感染性疾病(如败血症、感染性休克、重症手足口病、水痘、麻疹、登革热、流行性腮腺炎、流行性出血热、疟疾、恙虫病、立克氏体病、猩红热、伤寒、钩体病、细菌性痢疾等)，同时担负着三亚地区艾滋病人的抗病毒治疗管理工作。尤其在重症肝炎、难治性肺结核病、不明原因发热疾病方面有较丰富的经验。

特别是近年来对慢性乙型、丙型病毒性肝炎的抗病毒治疗，有效的阻止了病毒对肝脏持续损伤，显著降低了慢性乙型、丙型病毒性肝炎后的肝硬化及肝癌的发生率，提高了患者生活质量。长期与海南省传染病院有广泛的联系和合作，与国内多家传染病医院实行网络视频会诊以解决疑难杂症。

学科收治传染病病种齐全，病人来源广泛。医疗服务立足三亚，辐射全省。学科推进对新发、再现传染病的临床诊治研究，为海南省公共卫生事业做出了较大贡献。特别是1996年参与广州中医药大学合作，应用青蒿素治疗疟疾的研究取得良好效果，为海南省消灭疟疾和青蒿素在全世界的推广，立下了不可磨灭的功劳。

2003年抗击传染性非典型肺炎及后来的手足口病、甲型H1N1流感等传染病，感染科均担负着海南省南半部地区重要的诊治工作，取得较好的评价，获得省卫生厅、三亚市卫生局的表扬。其2020年新型冠状病毒肺炎爆发以来，在海南省南半部地区的作用更加突出，为三亚市抗击新型冠状病毒肺炎取得阶段性胜利，做出了重大贡献。其感染科2020年获得“全国三八红旗集体”称号、海南省"巾帼文明岗”称号。全科医护人员整体医疗技术精湛，服务质量好，使病房温馨如家。