兰州大学校医院是一所集医疗、预防、保健、健康教育及社区卫生服务等工作为一体的高等学校医疗保健机构。医院设有综合科、医务科、保健科、护理部、药械科、财务科、后勤科等行政科室和内科、外科、五官科、皮肤科、口腔科、传染科、医技科等业务科室；配有急诊室、抢救室、治疗室、观察室、换药室、消毒供应室等。具有X光数字胃肠机、DR拍片机、彩超、心电图、德国罗氏COBASC501(新购)及AU640全自动生化仪、迈瑞五分类全自动血球分析仪等先进设备。

2018年6月，为全面提升校医院工作水平，学校决定由第二医院托管校医院，组建了中共兰州大学校医院总支部委员会，为学校直属正处级单位。7月完成了职能科室设置。9月4日学校举行了“托管协议”签字仪式。现有职工73人(包括第二医院选派行政干部9人、财务处委派会计1人)。其中主任医师4人、主任护师1人，主任中药师1人，副主任医师9人，副主任护师1人，副主任检验师2人，副主任中药师1人，中(初)级医护人员35人，其他人员13人。有效地保障着全校师生、离退休职工、家属和辖区居民群众的常见病、多发病诊治，健康教育和预防保健等各项医疗任务。