杭州市第三人民医院外科是医院的支柱科室之一，业务范围包括：普外科、胸外科、神经外科。科室设施先进齐全，如：3D及超高清腹腔镜、olinpas胆道镜、强生超声刀、科惠能量平台、麦默通乳腺旋切仪、Medstar甲状腺射频治疗仪、术中神经监测仪、神经外科显微镜、肠内营养输注泵等。外科现医生16人，其中主任医师1人、副主任医师9人，硕士研究生10人，研究生在读2人。

年手术量超过1100台，开展手术包括：乳腺、甲状腺、腹壁疝修补、胃、小肠结直肠、肝脏胆道、胰腺、脾脏等手术。开展腹腔镜胆道手术、肝切除、肝门部胆管癌根治术、腹腔镜胰十二指肠切除术、腹腔镜胃癌根治术、腹腔镜结肠直肠癌根治术、腹腔镜脾切除术、甲状腺癌根治颈淋巴结清扫术等较大复杂手术。胃癌、乳腺癌、甲状腺癌、结肠癌、皮肤癌等各种恶性肿瘤的三年生存率、五年生存率不断提高，业务水平达到市级先进。

科室现开设普通门诊、普外专家门诊、胸外专家门诊、神经外科专家门诊、甲状腺乳腺专病门诊、疝气专病门诊、肺结节专病门诊、整形美容外科门诊、甲沟炎专病门诊。