广州三九脑科医院的神经内科细分为神经内一科、神经内二科、神经内三科、神经内六科4个科室。
神经内一科简介
学科以中枢神经系统感染与免疫诊疗、脑血管疾病综合评估诊疗和神经变性及遗传罕见病诊疗亚专业为特色。目前科室由一批经验丰富的主任医师及研究生学历医生组成的实力强大的临床医疗团队。
科室在以各种脑膜炎和脑炎、自身免疫性脑炎、多发性硬化及视神经脊髓炎等脱髓鞘疾病为代表的中枢神经系统感染及神经免疫疾病的诊疗方面，脑血管病的高分辨核磁共振及介入治疗评估，以及卒中综合防治等方面；多系统萎缩等帕金森叠加综合征、共济失调、脑白质营养不良、线粒体脑肌病、肌萎缩侧索硬化等疑难杂症的诊治方面都有深厚造诣。科室设有卒中绿色救治通道，积极开展缺血性卒中的静脉溶栓和动脉取栓治疗,开设有脑血管病、神经罕见病等专病门诊，年门诊量3万余人次，出院病人2000余人次。长期以来科室坚持以患者为中心，以精湛的医技、细致的服务为广大病患提供高质量、高标准的医疗服务。
科室宗旨：救治一个病人，幸福一个家庭。
神经内二科简介
神经内二科是医院重点科室之一，在院领导的支持与关怀下，倾力打造了脑血管病亚专科及头痛亚专科，拥有一批优秀的神经内科学专家和临床医务工作者。在以“卒中单元”为特色的脑血管病综合治疗、头痛综合治疗、神经免疫疾病(抗NMDA受体抗体脑炎、多发性硬化、视神经脊髓炎等)、痴呆、颅内感染、神经系统危重症疾病、线粒体脑肌病等神经内科疑难杂症的诊治方面有丰富的临床经验。
学科开设了超早期脑梗死静脉溶栓+支架取栓桥接治疗、慢性血管闭塞再通术（CTO）、颈动脉狭窄的支架成形术（CAS）及筛查偏头痛患者卵圆孔未闭封堵治疗等一系列神经医学前沿技术。学科主持及承担了包括《脑梗死患者合并阻塞型睡眠呼吸暂停综合征的临床研究》、《抗NMDA受体脑炎患者的临床分析及GRIN1基因多态性研究》、《右心声学造影发泡试验在偏头痛及隐源性卒中患者中的临床应用》、《脑梗死合并OSAS患者血管内皮功能障碍及其分子机制研究》、《合并OSAS的sICAS患者肠道微生物组研究》《基于微生物组学技术研究合并OSAS的大动脉粥样硬化性脑梗死患者肠道菌群特征》等省市级多项课题，并积极申报国自然课题。发表SCI及核心论文数十篇。编写了包括《神经内科常见疾病诊断与治疗》等医学专著三部，获得多项科研成果奖。
为更有效地为患者提供专业服务，常年开设脑血管病、头痛、痴呆及神经免疫（抗NMDA受体抗体脑炎）疾病等专科门诊。学科坚持“更专业、更有效、更经济”的发展理念，以高尚的医德、精湛的医术、出色的疗效赢得了广大患者和同行的赞誉与信赖。
神经内三科简介
广东三九脑科医院神经内三科成立于2009年，主要从事癫痫的规范化诊断及治疗，先后在沈鼎烈教授、周锦华教授及刘兴洲教授等国内神经科巨匠的引领指导下砥砺前行，求真务实发展，厚德仁爱行医，累计诊治癫痫病患几十万人次，在行业内有较高的声誉和口碑，并于2020年获评国家级综合性三级癫痫中心。
目前科室由一批经验丰富的主任医师及研究生学历医生组成实力强大的临床医疗团队，其中主任医师3人，副主任医师5人、主治医师4人，高级职称占比60%，硕士研究生导师1人，学科配置有规模较大、技术先进的医疗设备和服务设施。拥有近70张床位，含40张视频脑电监测床位。每天均有专家门诊及视频脑电图检查，及时帮助患者解除病痛。病房内分为三组专家团队：1、成人组：由赵黎明主任担任主诊专家，主要负责成人癫痫患者的诊断及治疗；2、儿童组：由李花主任担任主诊专家，主要负责儿童癫痫患者的诊断及治疗；3、术前评估组：由费凌霞主任担任主诊专家，主要负责难治性癫痫患者的手术评估，精确定位致痫灶。
我科践行多学科团队诊疗模式，联合癫痫外科、癫痫护理、神经电生理、神经影像、神经心理、神经康复等门类齐全的学科，为每一位癫痫患者寻求更专业、更有效、更经济的诊疗解决方案，努力帮助更多癫痫患者摆脱发作的困苦，为中国抗癫痫事业贡献力量！
神经内六科简介
神经内六科是医院重点培养的以亚专科为特色的科室。学科在承担神经内科常见疾病诊疗的同时，以认知功能障碍、眩晕及平衡障碍疾病、帕金森和运动障碍疾病为重点诊疗方向，利用医院配备的先进的功能神经影像（飞利浦1.5T磁共振、GE公司3.0T磁共振、64排128层全身CT）、电生理检测（256导、128导动态视频脑电图、多导睡眠监测），结合我院神经心理检测以及视频眼震电图、美国NeuroCom灵巧动态平衡诊疗系统、意大利BTS三维步态分析系统、法国Synapsys平衡评估及训练系统、高级脑反馈训练平台、英国和丹麦经颅磁刺激仪等现代康复设备，与心理科、康复科、神经外科紧密结合，为广大患者提供全方位的治疗。
专科特色：
1、眩晕及平衡障碍疾病诊疗科：是我省神经科系统首个成立的眩晕及平衡障碍诊疗科。临床经验丰富的胡运新主任、孙永奇副主任医师等专家团队运用医院的先进影像学设备及视频眼震电图、动态平衡诊疗系统，法国耳石复位仪等评估和治疗设备，开展针对眩晕等平衡障碍疾病的精确诊断和治疗。
2、认知障碍诊疗科：胡运新主任是中华医学会广东省医学会神经病学分会痴呆学组组员、广东省保健协会抗衰老及脑变性防治专业委员会委员，长期从事认知障碍的临床工作和患者的管理工作。擅长记忆障碍、痴呆、脑血管病、卒中后认知功能障碍的诊断及治疗，在认知功能障碍患者的综合管理上有着丰富的经验，对卒中后认知功能障碍的预防、评估、干预、康复进行了系统的规划。
3、帕金森病及运动障碍疾病诊疗科：利用脑科医院功能影像学设备、多导睡眠监测以及三维步态评估等先进设备开展对帕金森病及运动障碍疾病的早期诊断、运动及非运动症状的综合治疗。并承担DBS手术的术前评估以及术后程控工作，与功能神经外科紧密合作，是省内为数不多可从术前评估，精准手术定位评估以及术后长期调控全方位进行管理的学科之一，胡运新主任、孙永奇副主任医师等专家团队在帕金森病及运动障碍疾病的诊治上有着丰富的临床经验。