萘普生的副作用有：消化系统的表现，如恶心、呕吐、消化不良、便秘；有的患者可能会出现头痛、头晕、嗜睡；耳鸣、呼吸困难、哮喘发作、皮肤瘙痒，罕见荨麻疹、下肢水肿；可见看物体不清楚即视力障碍、听力下降、腹泻，吃东西或者喝水时口腔疼痛，心慌、出虚汗；偶尔有胃肠道出血、穿孔，精神障碍，如抑郁，还会出现无力，血尿、肾损害导致的肾肝功能下降，以及黄疸、肝功能异常，血小板及粒细胞减少等。