内蒙古医科大学附属医院胃肠外科是自治区成立较早的以胃肠道肿瘤和腹外疝为特色的临床专业科室，目前是国家临床重点专科（普外科）、内蒙古自治区重点学科（普外科）、内蒙古自治区医药卫生领先学科（普外科）、自治区医师协会胃肠和结直肠外科医师分会主任会员单位。

科室现开放床位87张，年门诊量30000余人次，病房年收治患者3500余人次，年手术量2000余例，其中微创手术占50%以上；由乌新林教授任科室主任，王朝阳教授任副主任，拥有医术精湛、临床经验丰富的侯明星教授、董培德教授、罗力教授等自治区知名专家团队。

科室现有医生20名，其中主任医师8名，副主任医师5名；博士8名，硕士9名；护理人员46名，其中副主任护师3名，国际造口治疗师3名。

科室专业定位于胃肠道肿瘤、肛周疾病及腹外疝的规范化临床诊治和微创精准的个性化治疗。常规开展腹腔镜下胃癌及结直肠癌根治术、腹腔镜下全结肠切除术、进展期直肠癌侧方淋巴结清扫等疑难重大手术，并且在腹腔镜疝修补术、晚期胃肠道肿瘤的综合治疗及腹膜后肿瘤的根治切除等方面都达到自治区先进水平。在区内较早开展腹腔镜下胃肠道间质瘤切除以及腹腔镜下超低位直肠癌保肛术及NOSES术等恶性肿瘤微创手术。

2018年以来科室成立小儿外科亚专业组，尤其在新生儿NEC的手术治疗等方面取得了长足发展。