乌鲁木齐市妇幼保健医院儿童保健科设有体检室、计划免疫室、智力测定室、听力筛查室、眼保健室、口腔保健室、儿童气质测查、营养咨询和心理咨询室。

提供包括胎儿期、新生儿期、婴幼儿期、学龄前期及学龄期保健五期保健。开展0-7岁儿童体格检查，生长发育评价，心理行为咨询、儿童疾病综合管理等儿童保健服务，并负责全市托幼园所入托体检和儿童健康管理。

同时作为全市最大的的妇幼保健机构，乌鲁木齐市妇幼保健医院保健部还承担了全市的儿童保健工作技术指导、督导、培训、考核工作，协助卫生局制定各种儿童保健卫生项目的规范、管理办法、评估标准和考核机制。开展儿童保健项目，如新生儿疾病筛查、新生儿死亡评审等等。