乌鲁木齐市友谊医院眼科自2003年3月成立中美合作麦格眼科中心之后，床位扩大为30张，主任医师3人，副主任医师2人，主治医师4人，住院医师5人。眼科自96年开展白内障超声乳化术已行数万例，在全疆享有很高的知名度。友谊医院眼科中心准分子激光手术治疗近视，已行近千例。

同时开展的非穿透小梁切除，泪小管硅胶逆行植入术等，也为本科特色手术。对于眼眶肿瘤、眼底病、斜视弱视等常见眼科疾病有丰富的经验。