甘肃省肿瘤医院骨与软组织肿瘤科分为骨与软组织肿瘤一科、骨与软组织肿瘤科二科。
骨与软组织肿瘤一科
骨与软组织肿瘤科成立于1998年，经过20余年的不断发展壮大，成为西北地区具有影响力的特色专科，是全省最大的骨与软组织、皮肤肿瘤诊疗中心、甘肃省医疗卫生甲级A类临床重点专业。科室特色鲜明，专业方向明确，以软组织肿瘤、骨肿瘤、皮肤肿瘤及小儿肿瘤为研究方向，全科设有57张病床，专业技术人员32名，其中主任医师2名，主治医师（硕士研究生）6名，多人先后赴法国、美国、意大利研修，专业技术力量雄厚，学术水平处于省内领先、国内先进。科室相继承担多个国家级、省级继续教育项目，科研成果获省市级奖励。学科带头人、科主任梁鹏主任医师为甘肃省卫生行业骨干人才、甘肃省临床重点专业学术带头人、中国抗癌协会第八届肉瘤专业委员会委员，中国抗癌协会第一届骨肿瘤与转移瘤专业委员会委员，中国医药教育协会骨并发症专业委员会常务委员，甘肃省抗癌协会肉瘤专业委员会秘书，甘肃省医师协会肿瘤专业委员会秘书长。
主要诊治项目有：骨肉瘤，骨转移瘤，软组织肉瘤，恶性黑色素瘤，血管瘤以及常见骨与关节的病变，畸形，损伤等，骨转移瘤的诊疗，肢体恶性肿瘤的保肢治疗，骨盆、骶骨、脊柱肿瘤切除与复杂重建、皮肤、骨与软组织肿瘤切除后组织瓣修复重建方面形成了科室的专长和特色。
骨与软组织肿瘤科二科
骨与软组织肿瘤科成立于1998年，由省著名骨科专家李健林教授组建。是国内建科较早、规模较大的专业科室。建科近20年，在著名骨与软组织肿瘤专家宋建民教授带领下长足发展。2018年独立建科，现固定床位27张，各级专业医生4名、专科护士12人，结构合理，梯队建设理想。
科室引进3D打印机、超声骨刀、肿瘤术后康复肢体功能综合训练仪等。3D打印机更是为肿瘤的精准治疗提供了保障。
科室致力于骨与软组织恶性肿瘤、骨转移癌、恶性黑色素瘤的规范性诊疗。在肢体恶性肿瘤的保肢治疗，巨大复杂肿瘤切除后组织瓣修复重建及脊柱肿瘤、骨盆和骶骨肿瘤的手术治疗方面处于全国先进、省内领先水平。
在省内率先开展了全肱骨切除置换及全肩胛骨切除置换术，均属省内首例。3D打印辅助下的锁骨、肩胛骨、髂骨肿瘤切除重建术，解决了多个专业难题，填补了省内空白。
尤其肢体隔离热灌注化疗术，曾先后与浙江省肿瘤医院，新疆医科大附属肿瘤医院骨软科交流，指导开展该项技术，在全国享有很高的知名度，灌注病例数已居于国内首位。发表论文多篇，参编专著多部，完成课题3项，获国家专利2项，承担多项国家级、省级继续教育项目。
科室被授予“中国抗癌协会肉瘤专业委员会恶性黑色素瘤诊治中心”、“中国抗癌协会肉瘤专业委员会肢体隔离热灌注化疗培训研究基地”、“甘肃省3D打印骨与软组织肿瘤临床转化中心”、“甘肃省骨转移瘤诊治中心”。
科主任李晶为中国抗癌协会第八届肉瘤专业委员会常务委员；CSCO黑色素瘤专家委员会青委会委员；中国肿瘤防治联盟甘肃省联盟骨肿瘤专业委员会第一届副主任委员；甘肃省抗癌协会肉瘤专业委员会委员。
科室以“立足甘肃、放眼全国、争创一流骨与软组织肿瘤科”为理念，秉承“做小专业的大科室”的宗旨。传承前辈、老师的精神，开拓创新，把科室“做大做强”、“做尖做精”。
科室团队医疗作风严谨，注重多学科协作，以病人为中心，以治疗骨与软组织肿瘤为己任，努力为省乃至西部的肿瘤防治事业贡献自己的力量。