南通市第一人民医院儿科分为儿内科和儿外科两个科室：儿内科：南通市第一人民医院儿内科是江苏省临床重点专科，江苏省新生儿危急重症救治中心，江苏省新生儿危急重症救治联盟理事单位，国家级住院医师规范化培训基地，国家级儿童哮喘标准化门诊，南通市市级重点专科，南通市“十四五”医学重点学科建设单位，南通市人文爱心示范科室、南通市基层特色科室孵化中心。专科共有医护人员87名，医生35名，护士52名，高级职称15名，中级职称16名，博士1名，硕士24名；多人获南通市“226”人才、“十三五”青年医学重点人才、“十四五”科教兴卫重点人才称号。多人在市级、省级、国家级学会任职。科室常规开展多项重点诊断治疗和技术：超微出生体重儿的综合诊治、新生儿持续肺动脉高压诊治、肾活检病理检查、血液净化治疗、肺泡灌洗，支气管异物取出等支气管镜治疗、胃镜，肠镜镜下检查及治疗、小儿癫痫的诊治、儿童康复训练、儿童生长发育和智力评估、多动症测评、性早熟，矮小症诊断治疗等。专科设备有小儿常频和高频呼吸机、脑功能监护系统、无创血流动力监测、血液净化机、听觉脑干诱发电位仪、无创颅压监测、亚低温治疗仪、肺功能测试、纤维支气管镜、NO治疗仪、小儿胃镜等。科室近三年承担省级课题2项、市级课题16项；南通大学、南京医科大学教学课题5项；发表SCI文章16篇，中华级学术论文2篇，核心期刊论文40余篇，获得发明专利6项，实用新型专利127项；获得市级医学新技术引进奖8项，其中一等奖5项、二等奖2项、三等奖7项，市科技进步三等奖3项；每年举办省级医学继续教育培训项目2项。儿内科是南通大学儿科临床硕士学位授予点、国家级住院医师规范化培训基地，承担南通大学、南京医科大学本科、硕士研究生教学工作。儿外科：南通市第一人民医院小儿外科成立于2020年，为南通市临床重点专科。自开科以来，科室规模和收治病人量和质都发生了连续改变和提升。专科共有医护人员20名，其中高级职称2人，中级职称2人，初级职称4人；博士1人，硕士6人。国家级委员3人，省级委员4人，市级副主任委员2人，委员1人。科室常规开展小儿普外科、小儿泌尿外科，新生儿外科和小儿骨科等亚专业，形成了以腹腔镜手术为主的专科技术特色：小儿普外科多个病种的微创手术，包括先天性胆总管囊肿，先天性巨结肠，腹部肿瘤及先天性肛门直肠畸形等手术；小儿泌尿外科在肾输尿管积水，隐睾、隐匿性阴茎，膀胱和外阴畸形等手术方面达到省内先进水平，肾和输尿管肿瘤和先天畸形方面也有重大突破；小儿骨科已成功将微创理念引入治疗全过程，利用各种内外固定装置，使儿童骨科微创治疗比例达到90%以上，在整个南通地区首屈一指。科室配有小儿高清腹腔镜，小儿高清关节镜，电脑遥控灌肠整复仪、小儿麻醉机、小儿高清C型臂透视机、小儿心电监护和复苏仪、小儿多功能保温治疗机、小儿重症监护病房等设备，为患者开展治疗提供硬件支持。近年来，小儿外科获省级新技术引进奖2项，市医学新技术引进奖5项，省级课题2项，市级课题4项，专利12项，共发表学术论文60余篇，其中核心期刊50余篇。每年举办省、市级医学继续教育培训项目。